Погост Железный Борок, где раньше собирались для торговли жители окрестных деревень, упоминается в межевых и переписных документах первой половины XVII века. В те времена церковь, вероятно, была деревянной. В 1787 году прихожане на свои средства построили каменный храм. Главный храм был освящен в честь Воскресения Христова, а приделы, в честь Богоявления Господня и святителя Николая Чудотворца. В свое время приход был густонаселенным. В 1950-х годах в этом районе началось активное строительство, возводились Ново-Ярославский нефтеперерабатывающий и сажевый заводы, а также другие предприятия. Жителей Железного Борка и близлежащих деревень переселили в городские дома, приход опустел и вскоре был закрыт. Это стало последним закрытием прихода на территории Ярославля.

Храм несколько десятилетий находился в запустении. В 2005 году он был передан Ярославской епархии и начал восстанавливаться при активной поддержке руководства местных предприятий. В апреле 2007 года здесь впервые за долгие годы была отслужена Божественная литургия, которую возглавил архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл. В настоящее время Божественная литургия проводится раз в квартал.