Воскресенская церковь на Дебре, это единственный сохранившийся посадский храм XVII века в Костроме. Он был построен в середине XVII века, не позднее 1652 года.

Нижняя Дебря, одна из старейших улиц Костромы, расположенная вдоль левого берега Волги. Название улицы связано с густыми зарослями у реки и лесистой низиной. Эту версию подтверждает и название соседней улицы, Лесной. Однако уже в XVII веке название Нижняя Дебря конкурировало с другим, Нижнебережняя улица, а со второй половины XIX века, Нижняя Набережная улица.

Согласно преданию, первую церковь «на нижней дебре» построил костромской князь Василий Ярославич. В его «Житии» говорится, что молодой князь любил охотиться в лесах над Чёрной речкой и, чтобы не возить собак с Сулы, перевёл туда псарню, поселил псарей и построил для них деревянную церковь Воскресения. К XV веку Вознесенский посад, расположенный вдоль Волги, достиг этих мест, а в XVII веке в районе Дебри находились кожевенные мастерские. В начале XVII века здесь стояла шатровая деревянная посадская церковь Воскресения с приделом святой Екатерины и тёплой церковью Космы и Дамиана.

С увеличением числа жителей посад решил построить каменный храм. Наибольший вклад в его строительство внёс богатый торговец Кирилл Григорьев сын Исаков из Гостиной сотни, живший неподалёку. По преданию, среди бочонков краски, присланных ему из Англии, он обнаружил один с золотыми монетами и решил использовать их для строительства церкви. Храм строили мастера из Ярославля и Великого Устюга. Росписи храма были выполнены вскоре после постройки, в 1650 и 1652 годах, предположительно артелью Василия Запокровского, а фрески Трёхсвятительского придела, в 1670 году, как считают, Гурием Никитиным и его артелью.

В 1740-х годах окна церкви были расширены, проёмы галереи заложены, а западное крыльцо соединено крытым переходом со Святыми воротами.

Изначально при храме была колокольня, но в 1801 году, при перестройке соседнего тёплого Знаменского храма, составляющего с Воскресенской церковью единый комплекс, колокольня была разобрана и на её месте построена новая, примыкающая к Знаменской церкви.

В 1911 и 1912 годах церковь частично реставрировал архитектор Дмитрий Милеев. В 1913 году, в честь 300-летия Дома Романовых, её посетил император Николай II с дочерьми и свитой.

В советское время храм оставался действующим до 1930-х годов, когда его закрыли и превратили в зернохранилище, а в подклете разместили военный склад. В 1946 году храм вновь открыли. По воспоминаниям современников, в храме не было полов, иконы были выломаны из иконостасов, окна выбиты. Более четверти века, начиная с 1964 года, небольшая церковь служила кафедральным собором Костромской епархии. До 1991 года здесь хранилась одна из самых почитаемых костромских святынь, Феодоровская икона Божией Матери из разрушенного в 1934 году Успенского собора. В 1967 и 1969 годах проводились реставрационные работы во входной группе и Святых воротах.

В 1993 году при церкви Воскресения на Дебре был учреждён Знаменский женский монастырь, которому передали также полуразрушенную соседнюю Знаменскую церковь. Церковь восстанавливают, полностью отстроена заново пятиярусная колокольня.