Церковь во имя иконы Владимирской Божией Матери, известная как Владимирская надвратная церковь, была построена в 1682 году в Михайло-Архангельском монастыре. Архиепископ Великоустюжский и Тотемский Геласий дал благословение на её строительство. Средства на возведение каменной церкви предоставил дьячок Мироносицкой церкви И. О. Мальцев. Церковь была построена специально для иконы «Владимирской Богоматери», созданной устюжским живописцем А. П. Соколовым по образцу известной московской святыни. Владимирская надвратная церковь имеет одну главу и святые ворота, через которые изначально осуществлялся вход в монастырь. На южном и западном углах церкви до сих пор видны остатки старой каменной монастырской стены, разрушенной в XIX веке.

Из внутреннего убранства церкви сохранились царские врата иконостаса конца XVII века, которые сейчас находятся в Великоустюгском краеведческом музее. Они выделяются своим позолоченным ажуром из оловянного кружева, популярного на Севере. Фигурные прорезные накладки врат, размещенные на фоне подцвеченной слюды, состоят из стандартных элементов, но создают впечатление уникальности. Небольшое навершие врат украшено десятью позолоченными фигурками архангелов, обращенных к «Престолу уготованному» в центре. Подобные фигурки украшают верхнюю часть боковых столбиков врат. На самих вратах изображены евангелисты и сцена «Благовещения».