В 1777 году была построена и освящена теплая каменная церковь Входа Господня во Иерусалим, которая сохранилась до наших дней. В церкви было два придела: в честь первомученика архидиакона Стефана и пяти мучеников, Евстратия, Авксентия, Евгения, Мардария и Ореста.

В 1928 году, когда началась первая волна закрытия арзамасских церквей, планировалось сохранить оба храма: один для школы, другой для общежития школьников. Однако вскоре было принято другое решение. В 1930 году в здании теплой церкви разместили окружной статистический отдел и кооперативную школу. К концу того же года школу перевели в Выездное, а в здании церкви устроили электростанцию для освещения нижней части города. Позже здесь обустроили гараж, который перенесли из Богословского храма, где некоторое время работал мясокомбинат. В 2004 году церковь была возвращена верующим, а малое освящение состоялось 2 января 2013 года.

Точная дата разрушения Богословской церкви неизвестна, но, вероятно, это произошло до Великой Отечественной войны. Второй храм был возрожден в начале XXI века и теперь украшает холм над пригородной автостанцией.

На переднем фасаде храма 28 сентября 2014 года была установлена мемориальная доска в честь уроженки Арзамаса, блаженной Пелагии Дивеевской, молившейся в этом храме.