В 1887 году в восточной части северного корпуса монастыря был создан храм в честь великомученицы Варвары, а часть здания отдали под монастырскую больницу.

В 1928 году Елабужский горсовет решил закрыть монастырь. Храм Казанский и колокольня были разобраны на кирпичи, а оставшиеся помещения перепланировали под жилье.

В 1993 году часть помещений была возвращена епархии. 8 февраля 1995 года Архиепископ Казанский и Татарстанский Анастасий освятил восстановленный храм в честь Великомученицы Варвары.