Согласно преданию, Архиерейский дом был возведен на месте бывшего княжеского дворца. В 1522 году епископ Рязанский Иона, назначенный на Рязань, был переведен из церкви Бориса и Глеба, которая ранее служила кафедрой, в Успенский собор, ныне известный как Рождественский теплый собор. Он стал первым, кто заложил основу для архиерейского дома. В списке с сотной грамоты упоминается, что в городе Переславле находился двор Владыки, на котором была каменная церковь Усекновения Иоанна Предтечи. Владыка Иона построил две каменные палаты с хлебными подклетами и две каменные поварни. В 1553 году Владыка Касьян сообщил писцам, что его двор мал и расширить его негде. Писцы добавили к его двору земли Великого Князя, а взамен взяли земли Владыки. В 1563 году Владыка Филофей также обратился к писцам с просьбой о расширении, и ему была выделена земля за конюшенным двором. В 1597 году Рязанский писец Третьяк Григорьевич Вельяминов предоставил Архиепископу Митрофану выписку на пустое место для двора. К концу XVI века на территории архиерейского дома находились различные строения, включая каменные церкви и конюшни. Однако 3 сентября 1647 года пожар уничтожил город Переславль, включая двор Архиепископа Моисея. Новый Архиерейский дом начал строиться Архиепископом Мисаилом в 1651 году. Из документов следует, что в 1653-1655 годах он возводил каменные палаты, а также церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи. Подрядчиком был московский мастер Юрий Карнильев сын Яршов. В 1652-1653 годах на месте строительства проводились молебны с освящением святой водой.