Рядом с жемчужиной архитектуры Углича расположилась не менее примечательная церковь с зелёными лемеховыми главами. Это храм Усекновения Главы Иоанна Предтечи, соседствующий с Дивной Успенской церковью. Он был построен в 1681 году вместе с асимметричным приделом Феодора Стратилата и стал первым бесстолпным храмом в Угличе. Церковь увенчана пятиглавием, причём каждая глава довольно крупная, хотя и стоит на относительно тонком барабане. Изначально главы были покрыты поливной черепицей.

При осмотре храма сразу бросается в глаза его широкий и массивный основной объём кубической формы, который сочетается с очень большой, явно непропорциональной апсидой, изначально состоявшей из двух частей. Большие массы создают ощущение тяжести и приземлённости, что усиливается широкой трапезной. С западной стороны примыкают паперть и крыльцо, а с севера, небольшой придел Феодора Стратилата. Рядом с этим храмом возвышается стройная трезубая "корона" Успенской церкви, создавая контраст. Несмотря на внешнюю массивность, церковь Иоанна Предтечи сравнительно невелика.

Специалисты относят это здание к типичным образцам верхневолжской архитектурной школы и часто сравнивают его с ярославскими церквями того времени. В декоративном оформлении фасадов использованы наличники с кокошниками килевидной формы и оригинальные полихромные изразцы, в изготовлении которых мастера из Ярославля достигли высокого мастерства. Здесь были созданы оригинальные цветовые гаммы и узоры для глазурованного кирпича, происхождение которых связывают с орнаментами восточных ковров, привозимых торговцами по Волге из Азии. Изразцовое убранство Предтеченской церкви считается одним из самых красивых среди угличских храмов. В церкви сохранились уникальные росписи, выполненные артелью под руководством угличского иконописца Дмитрия Григорьевича Буренина в 1845 году. В этот период храм активно перестраивали, в частности, изменили паперть, западная сторона которой всё ещё хранит фрагменты прежнего декора.

В 1930-х годах монастырь был закрыт, часть зданий использовалась как жильё, а храмы, в хозяйственных целях, позже они стояли в запустении. Церкви бывшей обители были отреставрированы к 1970-м годам. Храм Усекновения Главы Иоанна Предтечи передали РПЦ в 1997 году. Последняя реставрация Иоанновского храма проводилась в 2010-х годах.