Junto a la joya arquitectónica de Uglich se encuentra una iglesia igualmente notable con cúpulas verdes en forma de lémur. Este es el templo de la Decapitación de San Juan Bautista, que colinda con la maravillosa iglesia de la Asunción. Fue construido en 1681 junto con la capilla asimétrica de San Teodoro Estratilata y se convirtió en el primer templo sin columnas en Uglich. La iglesia está coronada por cinco cúpulas, cada una de las cuales es bastante grande, aunque se asienta sobre un tambor relativamente delgado. Originalmente, las cúpulas estaban cubiertas con tejas vidriadas.

Al observar el templo, llama la atención su amplio y macizo volumen principal en forma cúbica, que se combina con un ábside muy grande, claramente desproporcionado, que originalmente constaba de dos partes. Las grandes masas crean una sensación de pesadez y solidez, que se acentúa con la amplia sala de comidas. Al lado oeste se adosan el pórtico y la entrada, y al norte, una pequeña capilla de San Teodoro Estratilata. Junto a este templo se eleva la esbelta "corona" tridente de la iglesia de la Asunción, creando un contraste. A pesar de su apariencia maciza, la iglesia de San Juan Bautista es relativamente pequeña.

Los especialistas consideran este edificio como un ejemplo típico de la escuela arquitectónica del Alto Volga y a menudo lo comparan con las iglesias de Yaroslavl de esa época. En la decoración de las fachadas se han utilizado marcos con kokoshniks en forma de quilla y originales azulejos policromados, en la fabricación de los cuales los maestros de Yaroslavl alcanzaron un alto nivel de destreza. Aquí se crearon gamas de colores y patrones originales para el ladrillo vidriado, cuyo origen se relaciona con los ornamentos de las alfombras orientales traídas por comerciantes a lo largo del Volga desde Asia. La decoración de azulejos de la iglesia de San Juan Bautista se considera una de las más bellas entre los templos de Uglich. En la iglesia se han conservado frescos únicos, realizados por un grupo de artistas bajo la dirección del iconógrafo uglichense Dmitri Grigorievich Burenin en 1845. Durante este período, el templo fue sometido a una intensa reconstrucción, en particular, se modificó el pórtico, cuyo lado occidental aún conserva fragmentos de la decoración anterior.

En la década de 1930, el monasterio fue cerrado, parte de los edificios se utilizó como vivienda, y las iglesias, con fines económicos, luego quedaron en abandono. Las iglesias de la antigua comunidad fueron restauradas en la década de 1970. El templo de la Decapitación de San Juan Bautista fue entregado a la Iglesia Ortodoxa Rusa en 1997. La última restauración de la iglesia de San Juan se llevó a cabo en la década de 2010.