В 1867 году в пустыне завершилось строительство новой каменной церкви с железной крышей, начатое иеромонахом Самуилом в 1855 году. Церковь имела два престола: справа, в честь Трех святителей, слева, в честь святой мученицы Софии и ее трех дочерей Веры, Надежды и Любови. Строительство финансировал московский почетный гражданин Григорий Сергеев Васильев.

В 1918-1919 годах монастырь закрыли, а его имущество передали в ведение Уотсобесов и землеотделов. Обитель была разорена, монахи изгнаны. Спасо-Преображенский Пронский мужской монастырь не числился среди монастырей Русской Православной Церкви в течение 95 лет. В 1940-е годы в зданиях монастыря разместили детский дом, а затем Пронскую специализированную коррекционную школу-интернат, которая существовала с окончания Второй мировой войны. Размещение сирот помогло сохранить здания от полного разрушения, хотя и не в их первоначальном виде. Два храма обители не сохранились: на месте Троицкого построили дом, Свято-Духовский храм на третьем этаже братского корпуса снесли, а Трехсвятский храм лишили барабана и купола, превратив в жилое помещение. После закрытия интерната в помещениях монастыря разместился православный лагерь детского образовательного центра «Пронюшка».

В феврале 2011 года, по благословению правящего архиерея Рязанской епархии, началось возрождение древней Пронской святыни, и она получила статус Архиерейского подворья. В октябре 2013 года, по решению Священного Синода, Спасо-Преображенский Пронский мужской монастырь был вновь открыт.