В период с 1809 по 1811 годы деревянная ограда была заменена на каменную с тремя небольшими угловыми башнями. В 1838 году Трехсвятительский храм был упразднен, а в 1843-1850 годах к нему пристроили братскую трапезную. Это здание имеет прямоугольную форму и трехскатную крышу, а его декор выполнен в аскетичном стиле. В XIX веке также возвели каменный двухэтажный келейный корпус в 1825 году и другие постройки, включая каменный житный амбар в 1811 году и деревянную гостиницу для паломников в 1819 году, расположенные за пределами монастыря. Рядом с монастырем находилась деревянная часовня.

5 мая 1990 года, в день обретения мощей преподобного Иакова, епископ Костромской и Галичский Александр Могилёв возглавил крестный ход от Борков к монастырю. Среди руин обители был проведен праздничный молебен. Согласно указу Архиепископа Александра от 1 мая 1995 года, в бывшем монастыре было создано приписное подворье Ипатиевского монастыря во имя Святой Троицы, возглавляемое настоятелем иеромонахом Адрианом Антиповым. Решением Священного Синода от 17 августа 2004 года подворье было преобразовано в монастырь, настоятелем которого стал Ферапонт Кашин.

Регулярные будничные службы проходят в домовой церкви во имя Трех святителей, которая была устроена в 1998 году в трапезном корпусе XIX века.