В 1663-1664 годах на месте Троицкой церкви был построен деревянный храм. Однако из-за его небольших размеров он был разобран, и на его месте воздвигли деревянную церковь Благовещения. Позже и она была разобрана, и в 1778 году началось строительство одноэтажной каменной церкви Троицы. Этот процесс разделился на два этапа: 1778-1790 годы и 1803-1806 годы. Строительство велось артелью енисейских мастеров при участии братии Туруханского монастыря и жителей округа. За время строительства в проекте участвовало множество людей.

Особенностью композиции Троицкой церкви является расположение между притворами холодной и теплой церквей помещения ризницы, из-за чего столп колокольни сдвинут к югу от оси холодного храма. К квадратному ядру холодного храма примыкают алтарь и трапезная, перекрытые сводами с лотками и распалубками.

С запада находится квадратное помещение притвора с крестовым сводом. Храмовая часть и трапезная теплого придела объединены и перекрыты сводом с лотком и распалубками разной высоты. Алтарь придела также перекрыт сводом. Помещение ризницы освещается одним окном и перекрыто сводом.

Четверик холодного храма перекрыт восьмигранным сводом с крутой стрелой подъема. В 1882 году крыши здания покрыли железом и покрасили в зеленый цвет. В результате ремонта 1900-1901 годов купола и шпиль были окрашены, а кресты покрыты листовым золотом. Первоначально кресты были позолочены в 1858 году.

К моменту завершения строительства здание имело размеры 27,06 м на 16,02 м и высоту 23,9 м вместе с главой и крестом. Колокольня достигала 31,05 м.

Сохранился только первый этаж с деревянным перекрытием и новой кровлей. Фундаменты из бутового камня заложены на глубину 2,70 м. Стены из красного кирпича толщиной 132 см оштукатурены и побелены. На стенах есть трещины, но декоративные элементы окон сохранились. Исторические оконные заполнения утрачены, остались только металлические навесы. Полы в трапезной и Троицком приделе выложены плиткой, в алтарной части, деревянные.

Деревянная лестница на колокольню не сохранилась. Первоначально подъем осуществлялся по лестнице в стене, которая освещалась через квадратное отверстие на западном фасаде.

Вход находится с западного фасада через притвор в колокольне, где расположен вход в храм и церковный киоск. Благовещенский и Троицкий приделы соединены дверным проемом. В каждом приделе есть деревянные иконостасы.

Территория церкви огорожена деревянным забором. Здание не имеет канализации и центрального отопления, водопровод отсутствует, освещение электрическое.

Утрачены свод ризницы, колокольня со шпилем и крестом, центральная глава с крестом и трехсветный четверик холодного храма.

В 2008 году проектное бюро Разваляева Е.О. разработало проект реставрации и воссоздания памятника культурного наследия «Соборная церковь Троицкого монастыря» XVIII века. В 2009 году проект занял первое место на выставке «Строительство и архитектура» в конкурсе «Ордер воплощения».