Шалоболинский Троицкий приход был основан в 1852 году. Единственная церковь в приходе, каменная, была построена в 1851 году на средства прихожан, в основном благодаря бывшему крестьянину деревни Пойлово, Иосифу Ивановичу Артемьеву, который был золотопромышленником и много потрудился над украшением храма. В церкви два престола: главный в честь Святой Животворящей Троицы и придел в честь Рождества Христова. Храм был освящен томским епископом Афанасием 30 сентября 1853 года. Ограда вокруг церкви также была каменной. В приходе функционировали две церковно-приходские школы, было учреждено попечительство и общество трезвости.

Во время революции, когда церкви подвергались разрушению, храм Святой Троицы был закрыт, а священник о. Александр Суховской был повешен на колокольне. Вскоре местные власти решили снять крест с купола храма. Для этого запрягли лошадей, но они неожиданно упали на колени, а трактор заглох, и крест остался на месте, лишь слегка наклонившись. Когда сносили купол, ударила молния и начался пожар, который не повредил ни храм, ни крест.

В октябре 2006 года архиепископ Красноярско-Енисейской епархии Антоний передал Свято-Троицкий храм в ведение Свято-Вознесенской женской обители. Восстановление храма началось под руководством настоятельницы Свято-Вознесенского женского монастыря матушки Екатерины Бальва. В ноябре 2007 года, по проекту А.Ф. Блохина, К.Ю. Шумова и А.Г. Шумовой, выполненному еще в начале 1990-х годов, начались работы. Первая Литургия в восстановленном храме состоялась на Рождество 7 января 2009 года, которую провел священник о. Георгий Махатадзе из Свято-Вознесенской обители. Знаковым событием стало освящение и установка крестов и куполов 27 мая 2009 года.