Село Ефимьево в 1564 году было передано боярином Шеиным в собственность Ростовскому Богоявленскому монастырю и оставалось его владением до 1764 года. Согласно записям 1678 года, в XVII веке здесь находилась деревянная церковь Святителя Николая Мирликийского, при которой служил священник Семен. В селе насчитывалось 14 крестьянских дворов и 13 бобыльских с общим населением 116 мужчин.

В 1693 году была построена новая церковь во имя Живоначальной Троицы, вероятно, на месте сгоревшей. В 1779 году ее заменили другой церковью. Незадолго до этого, в 1776 году, была возведена еще одна церковь, также посвященная Святителю Николаю.

Однако эти церкви простояли лишь до 1818 года, когда на их месте была построена каменная церковь Святой Троицы с приделом Николая Мирликийского, которая сохранилась до наших дней.

В 1892 году при церкви открылась земская народная школа, и уже в 1893 году в ней обучалось 38 учеников.

В советский период храм был закрыт и подвергся разрушению: колокольня и купол были уничтожены. В настоящее время храм возвращен верующим, и в нем ведутся ремонтные работы.