В селе Большое Мурашкино значительное количество православных храмов связано с тем, что до середины XVIII века здесь располагались два монастыря: Спасо-Преображенский мужской и Троицкий женский. По данным писцовых и переписных книг XVII века, женский монастырь был основан в 1632 году по указу патриарха Филарета. Основала его игуменья Агафия, утвержденная в должности 22 июня 1634 года. В 1681 году в монастыре была церковь во имя святого Сергия Радонежского, описанная как низкая, с деревянной крышей. Второй храм, посвященный Святой Живоначальной Троице, сгорел в 1671 году во время крестьянского бунта под предводительством Степана Разина.

Троицкий монастырь был небогатым, но по числу насельниц превосходил мужской. В 1681 году здесь было 29 келий, в которых жили 81 старица. В XIX веке был составлен список настоятельниц монастыря, среди которых после игуменьи Агафии были Таисия, Евфимия, Пелагея и Анна. В 1723 году, в процессе сокращения монастырей, к Троицкому монастырю был присоединен малочисленный монастырь из села Шершово. В 1764 году в ходе церковной реформы Троицкий монастырь был упразднен, а его храмы стали приходскими. В 1780 году в ведомости об упраздненных монастырях упоминалось, что в обители было 11 казенных и 28 собственных деревянных келий.

На месте, где сейчас стоит каменный Троицкий храм, ранее находился одноименный женский монастырь. По архивным данным, каменная Троицкая церковь была построена в 1803 году на средства прихожан. Позже местные купцы возвели вокруг храма ограду из литого чугуна. В трапезной части храма были освящены два придела: в честь святого Сергия Радонежского и иконы Божией Матери "Седмиезерская". При строительстве храма были сохранены прежние названия престолов в память о монастыре. Храм строился несколько лет, что отражено в его архитектурных стилях. До наших дней сохранился антиминс, освященный в 1833 году епископом Амвросием. В 1930 году храм был закрыт, а богослужения возобновились лишь в 1990 году.

Ансамбль Троицкой церкви 1803 года с колокольней и домом священника является памятником архитектуры регионального значения. По данным краеведа Владимира Бакунина, в Большом Мурашкине сохранились остатки Ильинской каменной церкви, построенной в 1733 году, с престолами в честь святого Илии пророка, мучеников Флора и Лавра, и князя Александра Невского.