Первая деревянная церковь в селе Юргинское была возведена в 1800 году стараниями прихожан, как указано в документах о церкви Святой Живоначальной Троицы Ялуторовского уезда за 1852 год.

В 1852 году в селе Юрга была перестроена и освящена деревянная двухпрестольная церковь на каменном фундаменте, посвященная Святой Троице и Трем Святителям: Василию Великому, Григорию Богослову и Иоанну Златоусту. В начале XX века этот деревянный храм разобрали и перенесли в деревню Володино, где он был полностью разрушен после революции.

В 1897 году архитектор Б. Цинке разработал проект каменной двухэтажной церкви. К 1904 году, благодаря усилиям прихожан и купца 1-й гильдии А. Кузнецова, была построена и освящена каменная церковь с тем же посвящением. Старожилы рассказывали, что для строительства собирали яйца со всех деревень, а кирпичи передавали из рук в руки. Руководил строительством зодчий Зорин, уроженец деревни Хмелевка, который обучался строительству храмов в европейской части России.

На 1904 год в приход Свято-Троицкой церкви входили деревни Палецкая, Колычева, Володино, Ахмыцкая, Заворуева, Хмелевка и Боровый Выселок, а число прихожан составляло около 6000 человек. В штате церкви было два священника, один диакон и два псаломщика.

Последним настоятелем до закрытия храма был Николай Павлович Румянцев, чья супруга преподавала в церковно-приходской школе.

Для причта были построены два деревянных дома, местонахождение одного из которых неизвестно, а во втором размещались музей и Дом ветеранов.

С 1884 года в селе работала церковно-приходская школа, учрежденная в 1842 году. В 1897 году такая школа открылась и в деревне Володино.

В 1933 году церковь была закрыта. Последним старостой был Александр Мезенцев из деревни Заозерная. Вскоре с церкви сняли крест, сбросили колокола и разрушили колокольню. Здание церкви было разграблено. В том же году в Свято-Троицком приделе разместили зерносклад, а в приделе Трех Святителей, конюшню для племенных лошадей. Позже на первом этаже вместо конюшни открыли тракторную школу. До 1972 года в Свято-Троицком приделе находился клуб, а в приделе Трех Святителей, кинотеатр. С 1972 по май 1974 года здание не использовалось. В мае 1974 года в Трехсвятительском приделе разместили детскую библиотеку и районную библиотеку. В Свято-Троицком приделе на втором этаже в разное время находились общежитие, отдел культуры, Дом пионеров и музыкальная школа.

В конце 1993, начале 1994 года возобновилась деятельность прихода Свято-Троицкого храма. В мае 1994 года храм посетил Епископ Тобольский и Тюменский Димитрий, который благословил решение о передаче здания церкви приходу и начале ремонтно-восстановительных работ.

14 октября 1994 года детскую библиотеку перевели в другое здание, а прихожанам выделили небольшой уголок справа от алтаря. В апреле 1995 года районную библиотеку также перевели в другое помещение, и начались реставрационные работы. В середине 1995 года была убрана перегородка, отделяющая алтарь от основной части храма в Трехсвятительском приделе. Школа искусств освободила Троицкий придел в 2002 году.

В 1997 году из села Шипакова привезли колокол, сохранившийся благодаря прихожанам Шипаковской церкви.

В 2002-2003 годах восстановили разрушенную колокольню, а в 2003 году установили главный купол. В 2004 году здание оштукатурили.

В 2005 году, при поддержке благотворителей, для церкви приобрели колокола, которые освятили и подняли на колокольню 7 апреля, в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы.

С 2006 по 2009 год, при поддержке районной администрации, проводились ремонтно-восстановительные работы в приделе Святой Троицы, которые планировалось продолжить и в нижнем, Трехсвятительском приделе.

С сентября 2004 года настоятелем прихода назначен выпускник Тобольской духовной семинарии иерей Андрей Тимошенко.