Одним из выдающихся примеров богато украшенной архитектуры XVII века в Борисоглебском монастыре является церковь Сретения, расположенная над северными, Водяными, воротами. В литературе, посвященной монастырю, ее датировали 1680 годом. Однако, согласно монастырским архивам, Сретенская церковь была построена в эпоху Петра I и освящена в 1692 году. Таким образом, строительство храма следует отнести к началу 1690-х годов. Стиль конца века проявляется в облике здания: исчезает традиционное трехчастное деление стен пилястрами, северная и южная стены разделены лопатками на два прясла, а две другие стены не имеют членений. Верх сооружения украшен широким аркатурным поясом с изящными колонками с бусинами, а удлиненные оконные проемы обрамлены нарядными килевидными наличниками.

Высокий кубический объем храма возвышается над воротами с двумя асимметричными проездами и небольшими фланкирующими башнями. Башни замыкают паперть и ворота, скрывая соединение церкви с монастырскими стенами и связывая ограду с храмом. Композиция тщательно продумана, и храм выглядит легким и стройным. С восточной стороны находится прямоугольная апсида. Паперть у западной стены выполнена в несколько архаичном для конца XVII века стиле. В западной галерее есть лестница, ведущая внутрь храма.

Декоративность Сретенской церкви подчеркивается богатым узорочьем ворот и северной галереи. Проезды ворот украшены арочными поясами с "вислым каменьем". Висячие арки украшают и паперть, где встречаются железные гирьки, добавляющие акцент декору. Узор ворот и галереи выполнен из профилированного кирпича и занимает всю стену. Невысокая аркада опоясана лентой ширинок с карнизом из кирпичных городков, поребрика и нишек.

Сретенский храм венчают пять удлиненных барабанов с луковичными главками. Центральный световой барабан массивнее угловых, а его декор повторяет аркатурный пояс храма. Подобные орнаменты украшают барабаны всех церквей ансамбля, кроме собора Бориса и Глеба. На остальных четырех глухих барабанах пояс из городков опускается вниз небольшими арочками. В описях XVIII века отмечено, что у церкви "главы обиты чешуею деревянною, кресты железные, крыта она тесом". В 1775 году "оные главы сделаны вновь по железным стропилам железные и выкрашены лазурью".

С паперти в храм ведут два входа с великолепными перспективными порталами. Четыре пары колонн с многочисленными бусинами, репьями, дыньками украшены богатой резьбой, каждая пара имеет свой уникальный рельефный рисунок. Бесстолпный интерьер храма перекрыт лотковым сводом, опирающимся на декоративные пары полуколонн в середине стены. Полуколонны опираются на высокие постаменты. Подобный архитектурный прием можно увидеть в Воскресенской церкви Ростовского кремля, построенной немного раньше Сретенского храма.

Предположение о том, что Сретенская церковь была двухстолпной, не подтвердилось при вскрытии пола. Алтарная преграда в виде сплошной каменной стены, поднимающейся до сводов храма, в XVIII веке была скрыта большим деревянным иконостасом. Три входа в алтарь декорированы колоннами с упрощенными капителями. Над центральным и боковыми порталами сохранились небольшие фрески XVII века.

Центральный портал, Царские врата, был расписан полностью, но, вероятно, в XVIII веке был записан. Под удаленной реставраторами поздней росписью открылся прекрасный растительный орнамент XVII века, покрывающий колонки портала. Над архивольтом портала в прямоугольном клейме сохранилось фресковое изображение двух крылатых ангелов с рипидами в белых орнаментированных одеждах.

Колонки северных врат, ведущих в жертвенник, также покрыты орнаментом, а над порталом сохранилось изображение архангела с двумя серафимами. Над южным порталом, ведущим в диаконник, изображен ангел с убрусом с образом Спаса Нерукотворного. Вся композиция выполнена в коричневых и охристых тонах.

Гармоничный и богато украшенный храм Сретения над Водяными воротами заслуженно считается одной из красивейших надвратных церквей XVII века в России.