Ворожба начала заселяться одновременно с Сумами. В 1659 году из этих мест переселялись семьи для создания слободы Нижней Сыроватки. По словам Филарета Гумилевского в его труде "Историко-статистическое описание Харьковской епархии", первый храм в Ворожбе был построен около 1650 года. Согласно старым документам, он был посвящен Святому Николаю. В середине XVIII века храм был перестроен, оставаясь деревянным. На одном из брусьев была надпись: "Во имя Отца и Сына и Святого Духа создан этот храм Покрова Пресвятой Богородицы и Святителя Николая при великой Государыне Елизавете Петровне". Храм освятили в 1752 году.

Весной 1770 года началось строительство нового храма, который был завершен и освящен в том же году. Он был посвящен Преображению Господню, Покрову Богородицы и Святому Николаю. Этот храм с тремя престолами считался лучшим деревянным храмом Харьковской епархии. Среди древних икон особо почиталась Казанская икона Божией Матери. Вторая уважаемая икона изображала Божию Матерь с младенцем, с надписью: "Сей святой образ списан с чудотворного образа Пресвятой Богородицы Феодоровской". Эта икона была пожертвована помещиком Михаилом Романовым. В 1755 году Ульяна Николаевна Надаржинская пожертвовала две небольшие иконы Спасителя и Богоматери в серебряных ризах.

В 1896 году был построен новый каменный Преображенский храм. Его строительство велось усилиями прихожан. Храму принадлежали усадебная и пахотная земли. По данным 1904 года, в приходе числилось 4559 мужчин и 4418 женщин. Церковный капитал составлял 6504 рубля 31 копейку. В штате были два священника, диакон и два псаломщика. При храме работали две церковно-приходские школы и школа грамоты на хуторе Доценкове. Храму были приписаны несколько хуторов.

Храм был построен по проекту харьковского архитектора В.Х. Немкина. В 1960 году он был закрыт и пришел в запустение. Настенная роспись, выполненная художником Кричевским, была уничтожена, сохранилась только иконопись в алтарной части.

29 августа архиепископ Сумской и Ахтырский Марк провел первую Божественную литургию в восстанавливающемся Спасо-Преображенском храме в селе Малая Ворожба. После литургии состоялся крестный ход, Владыка Марк окропил стены храма и собравшихся святой водой. Он поблагодарил всех, кто участвовал в восстановлении храма, и выразил надежду на полное восстановление 115-летнего храма. Протодиакон возгласил многолетие всем, кто трудился над восстановлением храма.

Священник Роман Андрухив был назначен настоятелем Спасо-Преображенского храма 19 августа 2003 года. Службы проводились в пристройке у колокольни. С 29 августа 2007 года службы возобновились в большом храме после частичного восстановления. В марте 2014 года протоиерей Роман Андрухив был переведен в другой приход. С 3 марта 2014 года настоятелем храма стал иерей Павел Середа. Спасо-Преображенский храм нуждается в дальнейшем восстановлении, и настоятель вместе с прихожанами надеются на помощь добродетелей и волонтеров.