Первое упоминание о православном Спасо-Преображенском деревянном храме в селе Нещеров датируется 1735 годом. В 1742 году храм пострадал от пожара, но в 1746 году, благодаря усилиям Киевского казацкого сотника Павла Гудима и других жертвователей, был восстановлен на том же месте. В мае 1751 года Павел Гудим, владелец Нещерова, обратился к митрополиту Киевскому Тимофею Болховитинову с просьбой благословить поездку иерея Стефана Андреева в Запорожскую Сечь для сбора пожертвований. Митрополит дал разрешение, и имена казаков-жертвователей были записаны для поминовения в церкви. В 1794 году в Нещерове началось строительство нового каменного Спасо-Преображенского храма, завершенное в 1796 году. Храм был построен стараниями Ивана Павловича Гудим-Левковича, который завещал своим наследникам заботиться о его содержании и ремонте. Каменный храм возведен на фундаменте из песчаника, из желтого кирпича, и первоначально не был оштукатурен. Внешние стены имеют толщину полтора метра, внутренние, более метра. Храм покрыт деревянной крышей и представляет собой памятник архитектуры: прямоугольный корпус без выступающей алтарной апсиды, с четырьмя столпами и грушевидным куполом. В восточной части храма расположены высокие сводчатые окна, а в западной, окна в два яруса. Звонница устроена в юго-западном углу здания. В западной части храма на втором этаже находятся жилые помещения. В храме было три престола: главный, посвященный Преображению Господнему, боковой, святым Павлу Исповеднику и Фекле, и третий, теплый придел в честь Иоанна Предтечи. В 1798 году упоминается временный иконостас, а в 1799 году установлен иконостас из упраздненного Киево-Печерского Вознесенского монастыря. Храм был богато украшен, его церковные сосуды упоминаются в начале XIX века. До наших дней сохранилось Евангелие с серебряными накладками, подаренное в 1864 году. В 1856 году Нещеров принадлежал Михаилу Петровичу Гудим-Левковичу, а в 1859 году его сестре Марии Петровне Браккер. В 1875 году она продала имение Михаилу Васильевичу Гудим-Левковичу. Михаил был женат на Юлии Николаевне Бахметьевой, а их семья была связана с киевским светским обществом. До 1917 года храм был богато украшен, но в декабре того же года сообщалось, что он стал беден. В 1923 году в Нещерове был создан колхоз имени Сталина, а в 1936 году храм закрыли и использовали для хранения зерна. В октябре 1941 года немецкие войска разрешили открыть храм для богослужений, но имущество было простым, а иконостас сделан из фанеры. В 1949 году богослужения проводились только в основном объеме храма, так как остальное пространство занимал колхоз. В 1951 году описывалось состояние храма: полы из метлахской плитки, лестницы деревянные, фасады оштукатурены. В октябре 1961 года храм закрыли и передали сельской школе. В 1969 году был принят план охраны памятников, предусматривающий ремонт храма для создания музея. Однако работы не проводились до 1989 года, когда Обуховский городской совет определил заказчика и исполнителя реставрации. Жители Нещерова и села Первое Мая участвовали в работах по спасению храма. При строительстве в 1796 году храм имел небольшой придел, освященный в честь святого Павла Исповедника и первомученицы Феклы. Иконостас был перенесен из храма Вознесенского Печерского монастыря. В ходе реставрации было решено не восстанавливать этот придел, а установить иконостас в соответствии с проектом росписи храма. Работы по росписи начались в 2007 году и продолжаются до сих пор. Предтеченский придел был восстановлен в западной части храма, его росписи выполнены в византийском стиле артелью иконописцев из Харькова. В отдельном помещении установлена купель для крещения взрослых. В крипте расположен храм в честь Новомучеников и Исповедников Церкви Русской. Первая литургия была проведена в 2013 году. Иконостас храма выполнен из кирпича, а росписи, иконописцами из монастыря Дохиар Святой Горы Афон. В храме Новомучеников находится икона, изображающая более сотни новомучеников. На колокольне храма находятся три больших и восемь малых колоколов, самый большой весит 3,5 тонны. В 2020 году на колокольне установлен часовой механизм, отбивающий время. К югу от монастырского сада находится часовня, устроенная в память о тех, кто покоится на кладбище храма. За алтарем храма расположено старинное кладбище, служащее братским для Свято-Троицкого Ионинского монастыря. Здесь находятся символические могилы ктиторов и священнослужителей храма. Под грушей рядом с кладбищем находится могила советских воинов, погибших в 1941 году. В советское время здесь установлена стелла, а сейчас, гранитный крест. В 2006 году при въезде в обитель установлен поклонный крест с казацкого кладбища, переданный из частной коллекции.