Стараниями игумена Митрофана, будущего святителя Воронежского, был возведен каменный трапезный храм во имя Спаса Нерукотворного Образа, заменивший старый деревянный. Также были построены игуменские каменные кельи и полностью обновлено иконное убранство монастыря. Строительство каменных храмов, начатое в середине XVII века благодаря царским пожертвованиям и продолженное игуменом Митрофаном на собранные им средства, завершилось к концу столетия. Возобновление строительных работ произошло лишь в XIX веке. В 1832 году, в связи с канонизацией святителя Митрофана Воронежского, был устроен придел его имени над трапезной храма Нерукотворного Образа.

В 1690 году была построена надвратная церковь во имя Святителя Николая Чудотворца, которая оформила главный северный вход в монастырь со стороны села. Позднее Никольская церковь была соединена с корпусом братских келий и трапезным храмом Нерукотворного Образа Спаса, что создало цельный и удобный для молитвы и труда монастырский комплекс, обнесенный сначала деревянной, а затем кирпичной оградой. Строительные работы возобновились здесь только в XIX веке, и в 1832 году, в связи с прославлением святителя Митрофана Воронежского, был устроен придел его имени над трапезной храма Нерукотворного Образа.

Монастырь был закрыт в 1923 году. Как и другие закрытые обители, его активно приспосабливали под нужды новой власти. Комплекс был национализирован и передан Владимирскому Губмузею, который вывез все ценные предметы. После образования в 1935 году Небыловского района в монастыре разместились различные организации, а в церкви Спаса находился райисполком со всеми его отделами.

В 1995 году обитель получила статус монастыря, утвержденный постановлением Священного Синода от 27 декабря 1996 года. В ноябре того же года весь монастырский комплекс был возвращен Владимирской епархии. Храм Нерукотворного Образа Спаса, где совершались богослужения, наполнился старинными и новописанными иконами.