Храм в Гладышево возрождается благодаря усилиям группы единомышленников. После молебнов у полуразрушенного Спасо-Преображенского храма священники и прихожане обсуждали возможность строительства небольшой часовни на святом месте и даже пытались собирать средства. Однако, из-за нехватки денег или организаторов, а возможно, и по другим причинам, дело долго не двигалось. Однажды уроженец деревни Гладышево, Андрей Зякин, живущий в Гусь-Хрустальном, пообещал Богу начать восстановление храма после чудесного исцеления сына. Он привез лес и укрепил фундамент, но в одиночку справиться не смог. Тогда к делу подключились все вместе. Житель Владимира Лев Варламов и игумен Сильвестр Смердов, настоятель Свято-Троицкого храма, установили второй поклонный крест на месте первой Прохоровой пустыни. Лев получил благословение, и в Гусевском районе был изготовлен сруб для часовни.

21 июля 2005 года у стен Спасо-Преображенского храма, на месте второй Прохоровой пустыни, был установлен дубовый крест. Однако стены храма к тому времени уже сгнили, и Владимирский Госцентр по охране памятников культуры исключил его из своего списка. Летом 2006 года на месте первой пустыни был установлен сруб часовни.

В 2009 году архиепископ Владимирский Евлогий освятил кресты для маковок нового храма в деревне Гладышево. С помощью Олега Кучерика было установлено отопление, а владимирские иконописцы начали писать иконы для иконостаса. Паникадило было готово.

В 2010 году владыка Евлогий благословил подготовку двух престолов: один в память Преображения Господня, другой в честь святых Прохора и Вассиана Ястребских.

30 октября 2011 года был освящен престол в честь преподобных Прохора и Вассиана Ястребских, а 8 декабря того же года состоялось полное освящение храма архиерейским чином, включая главный Спасо-Преображенский придел. Настоятелем храма стал его строитель, священник Лев Харламов.