Часть некогда процветающего ансамбля Спасской церкви сохранилась за металлическим забором, отступив от красной линии. Улица Новомостовая, соединяясь здесь с улицей Октябрьской Революции, живописно изгибается у перекрестка и поднимается вверх, замирая перед шестиколонным портиком главного фасада. В 1773 году на этом месте, на Большой Казанской улице, была возведена деревянная церковь Благовещения Божией Матери. Однако после пугачевских волнений, когда из Елабуги в Уфу переносили чудотворный образ Спаса Нерукотворного, икона неожиданно остановилась возле Благовещенской церкви. Люди, несшие ее, не могли двигаться дальше, пока не пообещали построить здесь церковь. В 1779 году была возведена Спасская холодная церковь как пара к теплой Благовещенской. Огонь 1 июля 1821 года уничтожил обе церкви. Но 30 мая 1824 года, благодаря усилиям прихожан и священника Иоанна Григорьевича Несмелова, был заложен новый каменный храм. Из-за нехватки средств строительство затянулось на более чем два десятилетия. В 1829 году был освящен придел в честь святителя Николая, 1 сентября 1844 года, главный храм в честь Нерукотворного Образа Спасителя, а через год, придел в честь Рождества Христова, в память о сгоревшем в 1816 году Рождественском монастыре.

По замыслу И. Несмелова, церковь должна была напоминать знаменитый Казанский Собор Санкт-Петербурга, но в итоге были использованы лишь общие принципы композиции: центральный купольный храм и две симметричные колоннады, образующие четверть окружности. Концы колоннад, выходящие на улицу, завершались двумя одинаковыми колокольнями. В одной из них на первом ярусе была часовня, в другой, помещение для сторожей. Особенностью расположения здания стало нарушение традиционной ориентации христианских построек. Желание открыть парадное пространство к улице заставило строителей повернуть алтарную часть на север, а не на восток. Сейчас от первоначального облика сохранился лишь шестиколонный портик главного входа. Спасская церковь, хоть и не была самой главной в Уфе, находилась вблизи ее географического центра и несколько десятилетий имела самый большой приход в городе, охватывающий почти весь центр до западной окраины. В церкви были стенные росписи. В 1850-е годы был установлен новый иконостас; всего их было три. Часть икон была написана в Троице-Сергиевой Лавре под руководством Малышевского. В 1885 году иконостас заменили. Роспись стен и сводов передней части храма была выполнена в 1892 году. Семь колоколов отлили в Вятской губернии братья Бакулевы. В 1898 году церковь ремонтировалась, и среди жертвователей упоминаются Ф. Г. Чижов, Г. А. Деев, В. И. Видинееев, Н. К. Блохин, А. А. Скрипов и другие. В 1907 году в храме появилось электрическое освещение. Из церковных старост сохранилось имя купца Любимова, исполнявшего эти обязанности 9 лет. Постановлением Президиума ЦИК БАССР от 29 декабря 1929 года Спасская церковь была закрыта. Вскоре были уничтожены колоннады и колокольни, разрушен барабан храма с 12 арочными окнами и куполом, стенные росписи закрасили, а в церкви устроили общежитие. Примерно в 1944 году полукруглая алтарная апсида сползла в овраг.

На 40 лет церковь была приспособлена под мастерские кинопроката. В 1990-е годы жизнь Спасской церкви оставалась такой же, как в 1950-х или 70-х годах. В здании храма разместился кооператив по изготовлению окон и дверей. Установленные деревообрабатывающие станки и пилорамы создавали сильную вибрацию, что усугубляло шаткое положение храма на краю оврага, и по стенам метровой толщины пошли трещины, которые продолжают расти. В 1995-2002 годах на втором этаже находилась епархиальная иконописная мастерская. Девушки-иконописцы очистили от побелки и краски три участка фресок на большой площади. Состояние живописи, открывшейся спустя 65 лет, оказалось удивительным. Высокая техника росписи и характерные приемы позволяют отнести их к академическому направлению. В настоящее время от этого памятника классицизма сохранились только трапезная и четверик храма, причем внутренняя планировка этих помещений сильно изменена. Были сделаны дополнительные межэтажные перекрытия и многочисленные перегородки. Разобраны три изразцовые печи. 24 октября 2004 года в Спасском храме прошло первое богослужение после 75-летнего перерыва. Сейчас службы проводятся в трапезной части храма регулярно по воскресным и праздничным дням. Разработан проект восстановления храма, началось строительство левой колоннады и колокольни.