Каменная церковь во имя Архистратига Божьего Михаила была заложена 13 июля 1657 года и завершена 28 июня 1658 года. Её строительство велось под руководством митрополита Ионы и при поддержке Темкина из Ростова. Церковь имела трапезную и печи для отопления, а её глава была покрыта немецким железом. Крест на главе был железным и опаян оловом, крыша храма и трапезной была покрыта тесом "в зубцу". В церкви было 13 окон, обшитых войлоком и закрывающихся ставнями. Полы в алтаре, церкви и трапезной были устланы семью большими войлоками. С северной стороны, между алтарем и трапезной, была устроена палатка с тремя окнами. Под церковью находились хлебная и братская столовая и три запасные палатки. От трапезной вели глухие переходы к колокольне, где располагались семь колоколов. Один из них был сделан и приобретен архимандритом Ионой, другой, большой благовестник весом 33 пуда, был подарен Анной Ивановной Карповой 19 сентября 1650 года. Третий колокол был обменян на старый, который был даром княгини Марьи Захарьевны Лобановых, а в придачу дал 20 рублей митрополит Варлам. Четвертый колокол был даром Карповой, а происхождение четырех меньших колоколов неизвестно.

Спустя 105 лет, в 1764 году, в монастыре находились следующие строения: церковь Благовещения Пресвятой Богородицы с каменной папертью с трех сторон, церковь архангела Гавриила с настоятельскими и братскими кельями, а также сени и две палатки для хранения монастырских вещей. Под этой линией жилых помещений не было, но имелась часобитная. Третья церковь, теплая, была посвящена архангелу Михаилу, под ней находились приборная и хлебня. Между теплой церковью и Благовещенской находилась круглая каменная колокольня. Монастырь был приписан к архиерейскому дому и использовался для приезда архиереев и монахов. Половина монастыря была обнесена каменной оградой, а другая, деревянной. За 105 лет многое изменилось: деревянные церкви Воскресенская и Никольская исчезли, а Георгиевская, самая древняя из монастырских церквей, в 1752 году была переименована в честь Архангела Гавриила, а позже в честь Казанской Божией Матери. В настоящее время все постройки монастыря каменные, включая ограду. В монастыре три церкви: Благовещенская, главная или соборная, Михаило-архангельская и Казанская. Все они являются прекрасным примером архитектуры XVII века, хотя их внутренние украшения в основном более позднего происхождения.

Церковь в честь Собора Архистратига Михаила имеет пять глав и разделена каменной алтарной преградой и двумя поперечными арками на алтарь, среднюю часть и трапезную. Своды трапезной поддерживаются одним столбом в центре. Иконостас в церкви новый, выполнен с резьбой, колоннами и фронтонами, покрыт золотом. Царские ворота без сени и столбов резные и позолоченные. Стены храма местами покрыты живописью, выполненной в 1831 году, что указано в записи на северной стене трапезной.