На месте нынешней церкви во имя преподобного Симеона Столпника изначально находились две деревянные церкви: холодная в честь Симеона Столпника и теплая в честь Василия Кесарийского. Точные даты их основания неизвестны, но первые упоминания о них относятся к концу XV века, в частности, к 1471 году, когда произошло первое чудо у гроба праведного Прокопия Устюжского. Эти церкви также упоминаются в Сотной книге 1630 года. Согласно описям 1676 и 1683 годов, существовала пятиглавая холодная церковь во имя Симеона Столпника с тремя приделами и двуглавая теплая церковь во имя святого Василия Великого, а также колокольня с девятью колоколами. В 1715 году они сгорели в пожаре. 20 июня 1725 года архиепископ Великоустюжский и Тотемский Боголеп выдал грамоту на строительство каменной двухэтажной Симеоновской церкви. Первый этаж был теплым, во имя Симеона Столпника с приделом в честь апостола Иакова Алфеева, а второй этаж, холодным, во имя Рождества Пресвятой Богородицы с приделами в честь святого Николая Чудотворца и князя Владимира. Строительство завершилось в 1747 году. В 1757 году храм пострадал от пожара, а в 1765 году был восстановлен на средства купца И. Я. Курочкина.

Интерьер и иконостас церкви Симеона Столпника также относятся к 1765 году. Основное помещение храма было богато украшено лепниной. В нижнем этаже располагался теплый храм во имя Симеона Столпника. В киотах храма находились старинные иконы, украшенные серебром и жемчугом. Среди них выделялись образ Божией Матери Владимирской с серебряным окладом, украшенным жемчугом, и образ Знамения Божией Матери с подписью, указывающей на его соответствие чудотворному образу из Великого Новгорода, написанному в 1715 году. Также была икона Божией Матери Тихвинской с подписью, подтверждающей её соответствие чудотворному образу, написанному в 1720 году, и образ преподобного Симеона Столпника с житием, который происходит из древнего деревянного храма и ныне хранится в Государственной Третьяковской галерее. Трапезный иконостас был столярным, окрашенным, с резными и золочеными карнизами. Всего в нем было одиннадцать образов, среди которых образ Вседержителя с надписью, что они были написаны ключарем Афанасием с товарищем в 1752 году.

В 1765 году при Симеоновской церкви была построена отдельно стоящая колокольня. В 1771 году устюжский мастер Матвей Бушковский отлил для церкви колокол весом 154 пуда. В результате одного из наводнений сильно пострадало крыльцо церкви, обращенное к реке, и то, что дошло до нас, относится уже к 1908 году. Заново отделанный верхний холодный храм Рождества Богородицы был освящен 18 мая 1908 года. В феврале 1930 года церковь была закрыта, после чего начался демонтаж колоколов и иконостасов.

20 мая 2001 года в церкви Симеона Столпника возобновились богослужения, а 7 марта 2003 года храм был освящен.