По указу Святейшего Синода от 21 мая 1837 года, с благословения епископа Вятского и Слободского Нила и усилиями прихожан, в 1838 году был открыт храм.

Каменная церковь Рождества Богородицы была заложена 8 сентября 1875 года. Согласно клировой ведомости, её строительство в селе Хлебниково завершилось в 1882 году благодаря стараниям прихожан и поддержке владельца стекольного завода, казанского купца Прохора Георгиевича Ульянова. Здание церкви каменное, с колокольней, крыша железная. Главный придел освятили в честь Рождества Пресвятой Богородицы, правый, в честь Святого Пророка Илии, левый, в честь святого великомученика Георгия Победоносца.

В советское время духовенство и прихожане Хлебниковского храма оставались верны традициям, с 1926 года входили в Краснококшайское православное управление староцерковников, а в 1930-е годы, в Марийское викариатство Нижегородской епархии. Церковь в Хлебниково закрыли 21 апреля 1939 года, позже в её здании размещались МТС, кузница и Дом культуры. В этот период были разрушены купол и колокольня.

Приходская жизнь возобновилась в 2001 году, с июля того же года службы проводились в молельном доме. В 2007 году здание храма вернули верующим, и с апреля того же года в нём начались богослужения.

Храм Рождества Пресвятой Богородицы признан архитектурным памятником по решению Министерства Культуры Республики Марий Эл.

С 2013 года продолжается восстановление храма: оборудована большая трапезная, отремонтирован придел Георгия Победоносца, работает церковная лавка, приобретены колокола и строится новая колокольня. В приделе Рождества Пресвятой Богородицы, по благословению священника Сергия Кожевникова, вместо кочегарки был отстроен алтарь. Приобретены три престола, жертвенники, облачения и церковная утварь.

На приходе есть освященный источник во имя Казанской иконы Божией Матери в деревне Ивская Вершина, где дважды в год совершается крестный ход.

На территории храма находится захоронение одного из первых российских летчиков, Николая Кирилловича Кокорина, погибшего в 1917 году, а также памятник жителям Хлебниковского поселения, павшим в Великую Отечественную войну.

С селом Хлебниково связано имя священномученика Сергия Александровича Увицкого, протоиерея и кандидата богословия, жертвы сталинских репрессий. В 2006 году он был прославлен в лике святых в Соборе новомучеников и исповедников Российских.