До революции в селе Красный Яр было три церкви. На месте современного консервного завода располагался храм Покрова Пресвятой Богородицы. На кладбище станицы стоял храм Ильи Пророка. Церковь иконы Владимирской Божьей Матери находилась там, где сейчас действует храм Христа Спасителя. Этот храм имел два уровня: зимний и летний верхний. Колокольня достигала высоты 57 метров. В 1937 году самая большая церковь села была полностью разрушена, и на её месте построили водонапорную башню, которая вскоре обрушилась. После этого на этом месте возвели общеобразовательную школу, но и она со временем обветшала. В результате здесь долгое время ничего не строили, и место оставалось заброшенным.

В 1990-1992 годах был зарегистрирован приход церкви Христа Спасителя, и районные власти выделили участок для нового храма. В то время церковь располагалась в старом здании из красного кирпича, которое не было приспособлено для богослужений. На фронтоне этого здания была выложена надпись «1912 год». Церковь находилась там до 2002 года, а сейчас в этом здании действует воскресная школа.

Освящение церкви 28 октября 2002 года провёл Его Высокопреосвященство Преосвященнейший Иона, Архиепископ Астраханский и Енотаевский.