В 29 году XVI века московский купец Дмитрий Иванович Сырков, сын Ивана Сыркова, заказал строительство Церкви Прокопия. Храм был возведен на территории Ярославова дворища на месте первоначальной каменной церкви, построенной в 1359 году. Заказчик стремился не только к благочестивому делу, но и к созданию надежного укрытия на случай войны, народных волнений или пожара. Поэтому, как и церковь Жен-мироносиц, храм имеет три этажа.

Под зданием был устроен подвал, называемый в древних летописях «погребом», помимо подклета, расположенного на уровне земли. Этажность на фасаде не выражена, что характерно для церквей XV века. Это четырехстолпное, крестовокупольное сооружение с одной главой. Влияние московской архитектуры заметно в килевидном завершении среднего членения фасада, декоре барабана и килевидных арках западной пристройки. Как и прежде, здесь три апсиды вместо одной, что также связано с московским зодчеством.

Церковь Покрова сближает с архитектурой Новгорода лишь общая композиция и восьмискатная кровля. У более старой кирпичной церкви были более выражены геометрические формы. В западной стене нынешнего храма есть узкая внутристенная лестница, ведущая на второй этаж. В диаконнике в 52 или 65 году XVI века находился придел Святого Александра Свирского. Роспись церкви относится к XVI веку, что подтверждают фрагменты живописи на юго-западном столбе. В древности церковь дважды страдала от пожаров: в 42 году XVI века и в 09 году XVIII века.

В XIX веке была пристроена западная паперть, надстроен древний притвор, разобран северо-западный столб и перестроены восточные столбы. С 1953 по 1955 годы под руководством архитектора-реставратора Тамары Викторовны Гладенко проводилась реконструкция этого памятника архитектуры. Церковь отличается прекрасными пропорциями, пластичностью и сдержанностью декора. Внутри на юго-западном столбе сохранилась монументальная живопись XVI века. Здесь впервые в Новгороде встречается конструкция повышенных подпружных арок, характерных для зодчества Пскова и Москвы. Благодаря своим завораживающим пропорциям и сдержанному декору, сооружение поражает выразительностью, простотой и скромностью.