Церковь Преподобного Алексия Человека Божия была возведена одновременно со Святыми воротами Успенского монастыря в период с 1709 по 1714 год и освящена в 1720 году. Для завершения строительства игуменья и монахини были вынуждены собирать пожертвования у верующих в Москве и других городах. Церковь построена из камня, она холодная, одноэтажная, с одним куполом и одним престолом. Изначально планировалось освятить два престола: один в честь Святителя Николая Чудотворца, второй в честь Алексия, человека Божия. Надвратная церковь монастыря имела два прохода, боковую дверь и прежние Святые ворота. Нижний этаж, ранее включенный в ограду монастыря, служил подклетом храма. На гладких стенах первого этажа был возведен второй ярус, украшенный полуколоннами и наличниками с барочными фронтонами. Верхний этаж занимал сам храм с четырьмя окнами на фасаде, придававшими зданию жилой характер. Церковь венчал купол в классическом стиле. Внутри храма находился древний образ Нерукотворного Спаса с изображением множества святых, а двухъярусный иконостас, созданный одновременно с церковью, был украшен золотой резьбой по голубому фону.

В настоящее время Алексеевская надвратная церковь находится в полуразрушенном состоянии. После утраты купола она утратила все внешние признаки культового здания и теперь напоминает обычное жилое строение.