В ХХ веке здание утратило свой первоначальный облик православного храма, но благодаря недавней реставрации оно вновь обрело исторический вид и назначение.

Красное село, известное с начала XV века, было одним из крупнейших предместий средневековой Москвы. Его пруд, который дал название местности, назывался Красным за свою живописность, но был засыпан в начале ХХ века. Первая деревянная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы упоминается в 1620 году, а к концу века появился Никольский придел. В 1701 году была построена каменная церковь с двумя престолами, которую расширили к 1751 году, добавив придел во имя Усекновения Главы Иоанна Предтечи. В 1816 году храм получил новое пятиглавие, а в 1838 году был обновлен на средства Г.Н. Урусова и Е.Г. Малютиной.

Церковь Покрова, состоящая из разновременных частей, выглядит как единое здание в ампирной стилистике с белыми деталями на желтом фоне. Колокольня, однако, ближе к барокко, что видно по восьмигранному ярусу звона на квадратном основании. Трапезная прямоугольной формы лишена декора, в отличие от основной части храма, украшенной портиками с севера и юга. Эти портики были закрыты после перестройки 1902-1904 годов, когда приделы перенесли в главный храм. Верхняя часть четверика украшена тройными окнами и увенчана пятью главами. Мощная алтарная апсида завершает здание с востока.

После революции, в 1920-1930-х годах, в церкви Покрова служил митрополит Сергий (Страгородский). В 1934 году храм закрыли, несмотря на протесты верующих, и назначили к сносу, утверждая, что он мешает пешеходам и расположен слишком близко к дороге. В итоге уничтожили только ограду и алтарную апсиду, снесли главы и ярус звона колокольни. Здание утратило декор фасадов, получило новые оконные проемы и было разделено на этажи. Здесь разместились завод кино-электромеханической аппаратуры и производство игрушек. К 1980-м годам здание оказалось в аварийном состоянии. Лишь на Рождество 1997 года здесь прошло первое богослужение, началась долгая реставрация. Восстановили интерьеры, колокольню, декор фасадов и алтарную апсиду. Двор храма очистили от производственных построек. Реставрация завершилась в 2009 году, и храму вернули исторический облик.