Церковь во имя Покрова Божией Матери представляет собой каменное, теплое, двухэтажное здание, расположенное в ограде на восточной стороне монастыря, среди каменных построек. Она была построена и освящена в 1832 году благодаря усилиям княжны Хованской, принявшей постриг под именем Параскева. С западной стороны храм имеет небольшое полукруглое выступление, покрытое железной крышей с двумя скатами, в центре которой возвышается небольшой купол с главой и железным крестом. Вход в храм расположен с северной стороны и ведет сначала в полукруглую паперть, отделенную от храма капитальной стеной. Изначально на второй этаж можно было попасть по наружной лестнице, но в 1886 году была построена внутренняя лестница. В потолке храма имеется большой квадратный проем, обнесенный перилами, ведущий на верхний этаж.

Иконостас в церкви двухъярусный и четырехугольный с прямыми линиями. Справа от царских врат находится образ Нерукотворного Спаса в серебряной ризе за стеклом, который почитается чудотворным и выносится на крестный ход в особых случаях. Рядом хранится часть ризы Господней в небольшом серебряном ковчежце. Этот образ принадлежал схимонахине Параскеве Хованской. Слева от царских врат расположена икона Покрова Божией Матери, также в серебряной ризе. Кроме этих икон, здесь находится местночтимая икона Всемилостивого Спаса и святого великомученика Пантелеймона, присланная с Афона. В верхнем этаже храма находятся приделы во имя Иоанна Предтечи и Архангела Михаила.

Приделы на верхнем этаже были устроены в 1851 году благодаря монахине Калерии Стриневской. Они расположены в одной линии и не имеют разделений. Изначально вход был снаружи, но в 1866 году его заменили на новый, ведущий из паперти Покровской церкви. Иконостас здесь одноярусный и прямолинейный, украшенный позолоченной резьбой. Иконы написаны самими сестрами монастыря. При церкви обустроены помещения для престарелых и немощных сестер с больницей, поэтому церковь называют больничной.

В советское время в церкви размещались палаты дома инвалидов и некоторое время контора совхоза. В 2003 году после реставрации она стала главной монастырской церковью.

Святыни обители включают частицы мощей Киево-Печерских святых, святителя Феодосия Черниговского, преподобного Феодосия Тотемского, Александра Свирского и Евфросина Синоезерского.