Древнее село Заболотье расположено на реке Соти, и его название указывает на местоположение, за болотом. В XVI и начале XVII века оно было дворцовым селом с деревянным храмом во имя Архангела Михаила. В марте 1544 года царь Иван Грозный, направляясь из Калязинского монастыря в Троице-Сергиев, заезжал в Заболотье, где для него была организована медвежья охота. В 1708 году село принадлежало стольнику Федору Петровичу Дубровскому, и в это время существовала Архангельская церковь.

С 1734 года Заболотье стало собственностью графа Семена Андреевича Салтыкова, родственника императрицы Анны Иоанновны. В этом году церковь сгорела, и новый владелец построил деревянный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы с приделами в честь пророка Илии и Архангела Михаила. Позже усадьбой владел его сын граф Владимир Семенович, а затем внук Сергей Владимирович, который в 1756 году построил каменный Покровский храм. В 1804 году графиня Салтыкова расширила трапезную, добавив два придела. В церкви долгое время хранилась икона Спасителя, поступившая из Успенского Саввина и Серапионова монастыря в 1765 году.

С 1904 года до закрытия Покровского храма в 1936 году в нем служил священник Симеон Лилеев, родившийся в 1873 году в селе Малое Алексино. Он окончил Переславльское духовное училище и Вифанскую Духовную семинарию, после чего работал учителем. В 1898 году Симеон был рукоположен во священника к Никольскому храму в селе Дерюзино, а в 1904 году переведен в Покровский храм Заболотья. За свою службу он был возведен в сан протоиерея.

В 1936 году власти закрыли Покровский храм, несмотря на усилия отца Симеона сохранить его. Летом 1937 года начались гонения на Русскую Православную Церковь, и отец Симеон, проживавший в деревне Копалово, был арестован. 11 сентября его заключили в Загорскую тюрьму, а 10 октября 1937 года он был приговорен к расстрелу и казнен 13 октября на полигоне в Бутово.

После закрытия храм был разграблен, трапезная уничтожена, а на ее месте проложена дорога. Колокольня осталась без купола, но с остатками росписи. Восстановление храма началось в 1993 году с образованием православной общины и назначением настоятеля протоиерея Сергия Ермилова, который возродил литургическую жизнь. В 2006 году настоятелем стал священник Андрей Атланов, который наладил просветительскую работу и взял шефство над школой-садом в селе Федорцово. Богослужения в Покровской церкви проходят регулярно.

В 10 километрах от Заболотья находится село Шепелево, где раньше была церковь во имя пророка Илии. Сейчас на этом месте построена часовня, где в день памяти святого и в праздники совершаются водосвятные молебны.