El antiguo pueblo de Zabolotye se encuentra a orillas del río Soti, y su nombre indica su ubicación, detrás del pantano. En los siglos XVI y XVII, era un pueblo palaciego con una iglesia de madera en honor al Arcángel Miguel. En marzo de 1544, el zar Iván el Terrible, de camino del monasterio de Kalyazin a la Trinidad de San Sergio, hizo una parada en Zabolotye, donde se organizó una cacería de osos para él. En 1708, el pueblo pertenecía al noble Fiódor Petrovich Dubrovsky, y en ese momento existía la iglesia de Arcángel.

Desde 1734, Zabolotye se convirtió en propiedad del conde Semión Andreyevich Saltikov, pariente de la emperatriz Anna Ioannovna. Ese año, la iglesia se quemó, y el nuevo propietario construyó una iglesia de madera en honor a la Protección de la Santísima Virgen con capillas en honor al profeta Elías y al Arcángel Miguel. Más tarde, la mansión fue heredada por su hijo, el conde Vladímir Semenovich, y luego por su nieto, Serguéi Vladímirovich, quien en 1756 construyó la iglesia de piedra de la Protección. En 1804, la condesa Saltikova amplió el refectorio, añadiendo dos capillas. Durante mucho tiempo, en la iglesia se guardó un ícono del Salvador, que llegó del monasterio de la Asunción de Savvino y Serapión en 1765.

Desde 1904 hasta el cierre de la iglesia de la Protección en 1936, el sacerdote Simeón Lileev, nacido en 1873 en el pueblo de Maloye Aleksino, sirvió en ella. Se graduó de la escuela espiritual de Pereslavl y del seminario espiritual de Vifán, después de lo cual trabajó como maestro. En 1898, Simeón fue ordenado sacerdote en la iglesia de Nicolás en el pueblo de Deryuzino, y en 1904 fue trasladado a la iglesia de la Protección de Zabolotye. Por su servicio, fue elevado al rango de protoiereo.

En 1936, las autoridades cerraron la iglesia de la Protección, a pesar de los esfuerzos del padre Simeón por preservarla. En el verano de 1937, comenzaron las persecuciones contra la Iglesia Ortodoxa Rusa, y el padre Simeón, que vivía en la aldea de Kovalovo, fue arrestado. El 11 de septiembre fue encarcelado en la prisión de Zagorsk, y el 10 de octubre de 1937 fue condenado a muerte y ejecutado el 13 de octubre en el polígono de Butovo.

Después del cierre, la iglesia fue saqueada, el refectorio destruido y en su lugar se construyó una carretera. La torre del campanario quedó sin cúpula, pero con restos de pintura. La restauración de la iglesia comenzó en 1993 con la formación de una comunidad ortodoxa y el nombramiento del protoiereo Serguéi Ermilov como rector, quien revitalizó la vida litúrgica. En 2006, el sacerdote Andréi Atlanov se convirtió en rector, quien estableció trabajo educativo y asumió el patrocinio de la escuela-jardín en el pueblo de Fedorcovo. Los servicios en la iglesia de la Protección se llevan a cabo regularmente.

A 10 kilómetros de Zabolotye se encuentra el pueblo de Shepelevо, donde antes había una iglesia en honor al profeta Elías. Ahora en este lugar se ha construido una capilla, donde en el día de la memoria del santo y en las festividades se realizan moliendas de agua.