В старинных документах впервые упоминается Покровская церковь в связи с просьбой Григория Меньшикова, повытчика Юрьевской провинции, к Святому Синоду. Он просил разрешения перенести из Юрьева закрытую Покровскую церковь вместе с колокольней, утварью и кельями за город, к церкви святых апостолов Петра и Павла, построенной на месте бывшего Петропавловского монастыря, и после переноса переделать её в теплую. Это ходатайство, датированное 1722 годом, не было удовлетворено, и церковь осталась на прежнем месте.

В описи Юрьева 1760 года указано, что за городом в посаде находится деревянная церковь Покрова Богородицы. Эта деревянная церковь существовала до 1769 года, когда усилиями прихожан была построена каменная пятиглавая церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы с двумя теплыми приделами, посвященными святому Николаю Чудотворцу и святому пророку Илии. Колокольня и ограда церкви также были каменными.

Церковные документы сохранились в полном объеме, включая копии метрических книг с 1795 года, исповедные росписи с 1829 года, а опись церковного имущества составлена в 1888 году. Церкви принадлежит около 1400 квадратных саженей усадебной земли в разных частях города, на которую имеются документы. По штату в церкви служат священник, диакон и псаломщик. Годовой доход причта составляет 964 рубля, из которых 208 рублей 56 копеек, проценты с церковного капитала, 20 рублей, доход от земли и 735 рублей, за требоисправления. Причт располагает церковным домом. В приходе числится 63 двора, 236 мужчин и 272 женщины.