Трапезная церковь Покрова Богородицы была возведена в 1691 году на средства митрополита Варсанофия из рода Чертковых, живших неподалеку от Мурома. Это уникальная двухэтажная церковь, единственная в Муроме. Трапезная, расположенная на втором этаже, имеет коробовые своды с распалубками, которые опираются на восьмигранный столб, смещенный к северу. Это отражается на западном фасаде, который имеет асимметричную композицию. Несмотря на утраты архитектурных деталей из-за перестроек, Покровская церковь вместе со Спасо-Преображенским собором и Настоятельским корпусом остается важной частью ансамбля Спасского монастыря. Церковь также служит одним из основных хозяйственных зданий монастыря. Из описи капитана Федора Сенявина 1763 года известно, что под церковью находились хлебня, поварня и три кладовых. Покровская церковь своей простотой подчеркивает монументальность соседнего собора. В отличие от других зданий в Муроме, восьмигранный столб трапезной сдвинут с оси к северу, а палата перекрыта коробовыми сводами с распалубками. Западный фасад подчеркивает асимметрию плана. В 1757 году рядом с западным фасадом Покровской церкви вместо старой колокольни при Спасо-Преображенском соборе была построена новая. На обратной стороне 8 листа Вкладной книги Спасского монастыря XVI века подтверждается дата строительства Покровской церкви. В книге также указано, что в 1701 году был проведен ремонт одной из глав церкви, за что плотникам заплатили три рубля. В 1757 году была построена колокольня, а в 1839 году к Преображенской церкви пристроена паперть. В 1849 году были выстроены святые ворота, а в 1850 году Покровская верхняя холодная церковь переделана на теплую. Каменная ограда монастыря строилась с 1807 по 1810 год. В 1841 году в Преображенском соборе были переделаны окна.