Первое упоминание о Баках датируется 1617 годом. По мнению краеведа Н.Г. Тумакова, в 1636 году в Баках была построена первая деревянная церковь, освященная в честь Николая Чудотворца, после чего поселение стало называться Баки-Никольское. Однако краевед М.А. Балдин утверждает, что церковь появилась еще до 1628 года.

Согласно «Кратким статистическим сведениям о приходских церквах Костромской Епархии за 1911 год», Баковская церковь была возведена в 1818 году на месте сгоревшей деревянной, благодаря усилиям прихожан и благотворителей. Церковь окружала каменная ограда с деревянной решеткой, а при ней находились каменные и деревянные лавки, сдаваемые в аренду. По углам ограды располагались каменные башни.

В церкви было три престола: во имя Всемилостивого Спаса, в честь Покрова Пресвятой Богородицы и во имя Святителя Николая Чудотворца. Главной святыней была икона Святителя Николая. В храме служили три священника, три псаломщика и дьякон.

Приход был сельскохозяйственным и оседлым, насчитывал 3761 мужчину и 3950 женщин. Среди прихожан были раскольники-беспоповцы и баптисты, а приход включал 30 селений.

По архивным данным, в 1917 году в Баковской церкви служили священники Александровский, Николаевский и Волчков. Последним священником был Александр Павлович Смирнов, расстрелянный в 1937 году.

Церковь закрыли в 1930-е годы, колокола сняли и переплавили, купол и верх колокольни разрушили. Кладбище, где хоронили зажиточных жителей, сравняли с землей, а часть надгробий вывезли к Ветлуге.

Окончательно руины храма разобрали в конце 1950-х, начале 1960-х годов. В 1965 году на его месте построили кинотеатр «Чайка». В 1994 году здание кинотеатра передали общине верующих, и оно было переоборудовано в храм, освященный как Покровский.