В 1818 году был возведен молитвенный дом, посвященный Покрову Божией Матери. К 1840 году здание сильно обветшало, и начался сбор средств на строительство нового храма. В 1845 году, после проверки Астраханской губернии князем П.П. Гагариным по поручению Сената, император Николай I распорядился выделить государственные средства на строительство каменной церкви для 125 прихожан. В 1849 году было освящено место для нового храма.

Каменный храм в селе Басы Лиманского района с одним престолом, освященным во имя Покрова Пресвятой Богородицы, был заложен 23 июля 1850 года. Строительство длилось до 1853 года, а в 1856 году были приобретены церковные принадлежности, утварь и книги.

В 1851 году, направляясь на Кавказ для военной службы, Лев Толстой остановился в Басах, где провел ночь и посетил молебен в Покровском храме, молясь о благополучии в пути.

Храм функционировал до 1930-х годов, а в 1940-е его помещение использовалось как сельская пекарня. В 1991 году приход был воссоздан с благословения епископа Астраханского и Енотаевского Филарета.

Последняя реставрация проводилась в 2003 году, в ходе которой были восстановлены центральный купол с крестом, кровля основной части храма и основание купола. В 2010 году на храме установили две мемориальные плиты: одну в честь визита Льва Николаевича Толстого в село Басы, а другую в память о героизме воинов Великой Отечественной войны.