В селе Балтай в 1864 году был построен деревянный двухпрестольный храм с колокольней, где был устроен придел в честь святого князя Александра Невского. В храме служили священник и псаломщик, а дома для причта принадлежали церкви. При храме работали мужская и женская церковно-приходские школы.

Перед революцией храм был перестроен в каменный с шестью куполами и колокольней высотой почти 70 метров. В конце 1920-х годов храм был разрушен. Первоначально планировалось использовать камни для строительства новых домов, но из-за прочности кладки удалось лишь раздробить стены на крупные глыбы, непригодные для строительства. Эти остатки использовали для мощения дороги от въезда в Балтай до центра села. На месте храма построили школу, а на месте кладбища разбили сквер.

В 1991 году, по благословению Архиепископа Саратовского и Вольского Пимена Хмелевского, в Балтае был создан православный приход. Из-за отсутствия помещения для богослужений, службы сначала проводились в фойе кинотеатра, а затем в здании бывшего Дома пионеров.

16 ноября 1997 года, по благословению Архиепископа Саратовского и Вольского Александра Тимофеева, протоиерей Александр Ткачев вместе с духовенством заложил основание нового храма.

В 2003 году в селе был построен каменный храм, престол которого, как и в дореволюционном храме, освятили в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Первое богослужение состоялось 14 октября 2003 года, в день престольного праздника. 18 октября 2003 года, по благословению Епископа Саратовского и Вольского Лонгина, был совершен чин положения Антиминса.