Село Алфёровка было основано в 1780 году переселенцами из Курской губернии. Согласно местной легенде, оно получило название в честь первых жителей, Алферовых. Развитие деревни шло медленно, и лишь в 1903 году началось строительство церкви. Средства на возведение храма собирали по всей округе.

Церковь строили опытные мастера, и она получилась великолепной. Четырехъярусное здание было возведено без использования гвоздей. На храме установили три купола с крестами. Архитектурный стиль церкви Покрова Пресвятой Богородицы, эклектика, это бревенчатый шатровый храм. Сосновые бревна для строительства доставляли из соседней Башкирии.

В 1930 году, как и многие другие храмы, Алфёровская церковь была закрыта, сначала использовалась как амбар, а позже в ней разместили мехток.

В 1998 году церковь была внесена в областной реестр памятников истории и культуры и признана объектом государственной собственности. Церковь Покрова Пресвятой Богородицы в Алфёровке, редкий образец деревянного зодчества в Оренбургской области.