Строительство первого деревянного храма в слободе Марайской было завершено летом 1763 года благодаря усилиям прихожан. 26 июля 1763 года был выдан антиминс, а 20 декабря того же года церковь во имя Богоявления Господня освятил Епифаний Ярцев по благословению митрополита Павла Тобольского и Сибирского. В 1788 году к церкви добавили теплый придел во имя Рождества Пресвятой Богородицы, и она стала двухпрестольной. Храм представлял собой одноэтажное деревянное здание с деревянной колокольней и крышей из тесин.

В конце 1820-х годов началось строительство второй церкви, заменившей старую, обветшавшую. Новый храм был завершен в 1830 году на средства прихожан. Он был деревянным, одноэтажным, с деревянной колокольней, трехглавым, с железными крестами и решетками на окнах. В 1830 году освятили престол во имя Рождества Богородицы в теплом приделе, а вскоре и главный престол во имя Богоявления Господня. Однако 30 декабря 1861 года здание сгорело из-за неисправности отопления, уничтожив большую часть колоколов и некоторые иконы, хотя иконостасы и утварь удалось спасти.

По указу Тобольской духовной консистории от 9 февраля 1862 года прихожане построили временный деревянный молитвенный дом из трех комнат. В одной из них проводились богослужения, в другой хранилось имущество, оставшееся после пожара, а третья использовалась для обучения детей и проживания сторожей. Колокола временно повесили на столбах. Позже здание использовали для сельского приходского училища до 1894 года.

Каменная трехпрестольная церковь в селе Марайском была заложена 29 июня 1863 года священником Никитой Розановым при содействии местных священников. 7 сентября 1870 года священник Константин Рычков освятил престол во имя Богоявления Господня на правой стороне теплого придела, где временно установили старый иконостас от сгоревшей церкви. Окончательно храм с колокольней был построен в 1872 году на средства прихожан. В 1877 году на пожертвования был устроен иконостас в холодном Петро-Павловском храме, а к 1881 году изготовили два новых иконостаса для теплой церкви. Главный престол во имя апостолов Петра и Павла освятили 28 июня 1882 года, а к 1885 году освятили и престол во имя Рождества Пресвятой Богородицы.

В 1886 году на средства прихожан была построена каменная ограда с воротами и железными решетками, а также сторожка и каменная кладовая. К 1889 году ограда и здания были покрыты железом и оштукатурены. К 1892 году храм был расписан, а в следующем году приобретен колокол весом 97 пудов, изготовленный в Гатчине. В церкви хранилась резная икона Святителя Николая, почитаемая прихожанами.

Церковь в селе Марайском была закрыта в 1938 году решением Челябинского облисполкома, и в здании разместились мастерские автоколонны.

В начале 1990-х годов была устроена временная церковь Богоявления Господня в старом деревянном двухэтажном доме.