О храме Петра и Павла в Черном Яру сохранилось немного достоверной информации. Предполагается, что его построили в конце XVII или начале XVIII века. Город Черный Яр упоминается в записях путешественников с 1600 года. Он находился на берегу Волги, в 208 верстах к северу от Астрахани и 158 верстах к югу от Царицына, и был частью системы южных крепостей, защищавших волжские торговые пути и караваны, направлявшиеся с Востока на Запад. Из-за обвалов берегов и пожаров город несколько раз переносили на полверсты.

Черный Яр долгое время был самым южным форпостом не только Астраханской губернии, но и всей Руси, защищая окраины от набегов татарской конницы, калмыков и казачьих шаек. Вместе с деревянной крепостью здесь построили первую церковь Воскресения Христова с боковыми приделами в честь Казанской Божьей Матери и Святителя Николая Чудотворца. Эта церковь сгорела в 1654 году, была восстановлена в новом месте, но полностью разрушена при пожаре 1741 года.

С этим храмом связано прославление местночтимого святого, преподобного отрока, схимонаха Боголепа, сына воеводы Якова Лукича Ушакова, который принял постриг в семилетнем возрасте за несколько дней до смерти в 1654 году. Его могила находилась возле церкви, над ней была возведена часовня, которую по приказу Петра I снесли.

Благодаря местному купцу была построена вторая церковь Воскресения Господня. Левый придел освятили во имя Святого мученика Иоанна Воина, а правый, в честь Святителя Николая Чудотворца, Архиепископа Мир Ликийских.

Этот храм примечателен тем, что придел Святого мученика Иоанна Воина был построен и освящен первым в 1741 году прямо над могилой Святого Боголепа. Святой явил множество чудес. Хотя поклонение ему распространено в Черноярском и Енотаевском районах, его иконы есть во многих храмах региона, и на некоторых он изображен не ребенком, а юношей. Сам храм освятили только в 1750 году. Однако он не сохранился до наших дней, так как находился на берегу Волги и рухнул в подмытый водою яр.

Кладбищенская церковь во имя Святых Апостолов Петра и Павла интересна тем, что ее пол состоит из чугунного литья, что, возможно, и спасло храм, сохранив его до нашего времени.

Храм был перевезен с прежнего места на берегу реки в безопасное место, где он находится и сейчас.