История создания церкви начинается в 1740 году, когда русский дворянин и мореплаватель Алексей Чириков пожертвовал для Авачинского поселка походную церковную палатку, освященную во имя Рождества Пресвятой Богородицы.

Позже церковь была перенесена из палатки в более прочное деревянное здание. Со временем многие жители покинули поселок, и было решено переместить церковь к реке Паратунке.

В 1810 году церковь освятили заново, но уже в честь святых Петра и Павла. Через четыре года к зданию пристроили придел, который посвятили Пресвятой Богородице.

Из-за использования некачественных материалов и неблагоприятных погодных условий здание вскоре стало непригодным для служб. Новую церковь построили к 1826 году, но она постоянно подвергалась реконструкции. Единственным неизменным оставалось ее местоположение. В 1834 году фасад здания покрыли железом, а рядом построили несколько домов для духовенства.

С приходом советской власти церковь и ее имущество были национализированы, а здание закрыто. Позже оно использовалось как кинотеатр. В середине века церковь снесли, обнаружив тайник с древним Евангелием в золотом окладе.

В 1992 году в Петропавловске-Камчатском была построена новая церковь Петра и Павла в стиле модерн.