В центре восточного корпуса расположены главные въездные ворота, над которыми возвышается надвратная Петропавловская церковь. Первоначально, в 1692 году, здесь была построена церковь в честь святого Ефрема Сирина, но позже её переименовали в честь апостолов Петра и Павла.

В 1770 году в монастыре произошёл крупный пожар, который серьёзно повредил церкви, включая надвратную церковь святого Ефрема Сирина и больничную церковь в честь Соловецких чудотворцев Зосимы и Савватия. После восстановления было решено освятить надвратную церковь в честь апостолов Петра и Павла, а в больничной церкви устроить придел, посвящённый преподобному Ефрему Сирину.

12 июля 2005 года, в день престольного праздника, в храме апостолов Петра и Павла состоялась первая Божественная литургия, которую провели монахи Печерского монастыря под руководством игумена Тихона. После службы прошёл крестный ход к восстановленной могиле князя Бориса Голицына и была отслужена лития по усопшим настоятелям монастыря.

В августе 2009 года художники мастерской «Традиция» при нижегородском соборе святого Александра Невского завершили роспись алтаря надвратного храма в честь апостолов Петра и Павла, используя в качестве образцов византийские работы XII века. Полностью храм был расписан к концу 2012 года, так как работы велись тщательно и неспешно. 14 декабря 2012 года епископ Выксунский и Павловский Варнава провёл чин Великого освящения храма.