Храм был возведен 25 марта 1991 года в честь двухтысячелетия Христианства с благословением и усилиями Архиепископа Суздальского и Владимирского Валентина при содействии протоиерея отца Владимира Шишкова и на средства, пожертвованные рабой Божьей Татьяной Бельчевой.

Священный Синод РПЦ принял решение о возобновлении поминовения исповедников и мучеников, пострадавших за веру Христову, как это было установлено Поместным Собором 18 апреля 1918 года. Было решено проводить ежегодное поминовение по всей России 25 января или в ближайшее воскресенье после этой даты в память о всех усопших в годы гонений исповедниках и мучениках.

Архиерейский Собор Русской Православной Церкви в 1992 году постановил отмечать Собор новомучеников и исповедников Российских 25 января по юлианскому календарю, в день памяти убиения священномученика Владимира Богоявленского, если эта дата совпадает с воскресеньем или в ближайшую неделю после него.

На Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в 2000 году были прославлены как известные, так и неизвестные мученики и исповедники веры. Чин канонизации состоялся 20 августа 2000 года. Также было решено, что в состав Собора будут включаться святые по решению Священного Синода Русской Православной Церкви. По состоянию на 1 января 2011 года в Соборе новомучеников и исповедников Российских XX века поименно канонизировано 1774 человека.