Однопрестольная деревянная холодная церковь с шатровым завершением была изначально построена как храм бывшего Троицкого монастыря, основанного Варнавой Ветлужским в XVI веке. Она возведена на месте прежней деревянной церкви с тем же посвящением, расположенной над захоронением основателя монастыря. После закрытия монастыря в 1778 году церковь стала приходской. В 1854 году ее отремонтировали. В 1912 году, из-за угрозы размыва берега, мощи преподобного Варнавы Ветлужского были перенесены из Никольской церкви в Троицкую. В 1930-х годах церковь была закрыта и впоследствии уничтожена. В 1999 году на месте Никольской церкви был установлен памятный крест.