В 1835 году в селе, благодаря усилиям помещика Карпова и местных жителей, был возведен каменный храм с колокольней. Престол церкви освятили в честь Преображения Господня. В состав причта входили священник и псаломщик, для которых были предусмотрены церковные дома. К храму относились деревни Любавино, расположенная в 6 верстах, и Елховка, находящаяся в 9 верстах. В 1914 году была открыта двухклассная земская школа.

В храме служили священники Степан Сергиевский, Василий Карамзин, Виктор Серебряков, Андрей и Лев Лебедевы. Диаконом был Иоан Иргизов. Пономари, Василий Нардов и Алексей Колеров. Псаломщики, Стефан Костальский, Иван Крылов и Иаков Тимофеев.

Согласно отчетам Татищевского райисполкома, в 1931 году храм был закрыт и частично разрушен. В 1937 году здание проверила комиссия, и его переоборудовали под зернохранилище и склад.

К 1917 году в Саратовской епархии насчитывалось более 900 храмов и монастырей, но к 1937 году не осталось ни одной действующей церкви. Многие храмы были разрушены или перестроены под клубы и склады. Храм в Слепцовке сохранился, хотя и пострадал в советское время. При взрыве колокольни кирпичи падали на дома, поэтому от идеи взорвать сам храм отказались, и его использовали как зернохранилище. Для удобства въезда грузовиков выломали одну колонну, но стены остались целыми. Кладбище рядом с храмом уничтожили, а мраморные надгробия растащили местные жители. К 1990-м годам храм был заброшен.

В 1991 году в Слепцовке начала возрождаться православная община, и здание храма вернули приходу. Усилиями прихожан частично восстановили стены, окна и двери. По благословению Архиепископа Саратовского и Вольского Пимена, в теплое время года в храме возобновились богослужения.

9 октября 2013 года, по благословению Митрополита Саратовского и Вольского Лонгина, приход храма святителя Николая в Слепцовке стал подворьем Свято-Никольского мужского монастыря. Настоятелем назначили иеромонаха Тихона Чернова.

14 апреля 2015 года в храме святителя Николая освятили колокола. Чин освящения провел игумен Никон Поляков вместе с насельниками монастыря: иеромонахом Тихоном Черновым, иеромонахом Вениамином Кирилловым и иеродиаконом Елевферием Никифоровым. После освящения колокола установили на звонницу, и раздался пасхальный звон.

Здание храма является объектом историко-культурного наследия регионального значения.