Афанасий Павлович Носов пользовался большим уважением среди старообрядцев. Именно ему беглопоповцы поручили ходатайствовать перед властями об открытии молельни в Семенове. В 1896 году молельня была открыта в доме мещанки Агафьи Михайловны Рыбиной. В 1897 году А.М. Рыбина получила разрешение на строительство каменного дома позади двухэтажного деревянного. Молельному зданию, по указу нижегородского губернатора, не разрешалось иметь вид православного храма, и под его крышей не должно было быть куполов и крестов. Также запрещалось устанавливать колокольню и колокола. Семеновский уездный исправник потребовал от А.П. Носова подписать обязательство не только соблюдать предписания по строительству моленного дома, но и отказаться от проведения крестных ходов и сопровождения умерших с песнями и в облачениях на улицах.

После дарования свободы вероисповедания в 1905 году семеновские старообрядцы под руководством А.П. Носова и при его финансовой поддержке начали строительство своего храма. Для сбора подписей по деревням Афанасий Павлович отправил своего сына Ферапонта. Известно, что он приезжал в село Рождественское, где, по словам никонианского священника, из 2230 прихожан православными были только 70 человек. Вскоре в городе на углу улиц Покровка и Володарского появилась красивая церковь из красного кирпича, окруженная кованой металлической оградой, выполненной семеновскими кузнецами. Завершить строительство церкви А.П. Носову не удалось, он скончался 5 апреля 1912 года. Его тело было погребено в склепе в боковой стене храма. Вторая жена купца, Анастасия Константиновна, после его смерти ушла в Шарпанский скит, где постриглась в инокини под именем Алевтина. Она оставила все имущество, взяв только шкафы для хранения деревянной посуды, возможно, как память о муже. Перед отъездом А.К. Носова пожертвовала три тысячи рублей на устройство городского водопровода. Она умерла от странного заболевания правой руки и была похоронена на Шарпанском кладбище. Накануне большевистской революции и в первые годы советской власти церковным старостой был Марк Петрович Бурмистров, живший на улице Вознесенской.

В конце 1980-х бывшие прихожане Никольской церкви начали хлопотать о возвращении храма верующим. В 1989 году ключи от храма были переданы прихожанам. В это время в храме шел ремонт: покраска стен и потолка, на котором сохранилась роспись. Церковь находилась в ведомстве «Хохломская роспись», и на ремонт было потрачено 12 миллионов рублей. После передачи храма начали собирать деньги на его восстановление. Нужно было менять полы, восстанавливать купол и колокольню. Восстановлением храма занимался протоиерей Диомид Калинин, строитель по образованию. Сначала церковь отапливалась печками, затем сделали котельную и перешли на уголь, а в 2014 году церковь перешла на индивидуальное отопление.

После отца Диомида в 1992 году служил отец Субботин. В это время было много сделано: восстановлены колокольня, купол и кресты. Храм освятил батюшка Борис из Новозыбкова.