Впервые упоминание о селе относится к 1627-1629 годам. В это время здесь уже существовала деревянная церковь Рождества Пресвятой Богородицы с приделом в честь великого чудотворца Николая. При храме служили поп Никифор Иванов, дьячок и просвирница, а также находились 15 келей, в которых жили нищие, питавшиеся за счет церкви. Село Николо-Гора в разные периоды называлось по-разному: Корчкодом, Золотая гора, Никольский погост. За свою 400-летнюю историю оно претерпело множество административных изменений: входило в состав Московской губернии, в XVII веке, в стан Стужень, затем в Ярославский уезд, было приписано к городу Галич Костромской провинции вместе с Любимом в составе Чёрного стана, позже, в Любимский уезд Ярославской губернии. Село также принадлежало Даниловскому району Ивановской Промышленной области, Пречистинскому и, наконец, Первомайскому району Ярославской области.

В 1801 году благодаря усилиям прихожан в селе была возведена каменная церковь во имя святителя Николая. Храм был расписан профессиональными художниками в академическом стиле XIX века. В 1903 году к церкви были пристроены боковые приделы на средства петербургского купца первой гильдии Петра Воеводского в честь Рождества Пресвятой Богородицы и святителя Петра Московского.