2 сентября 1917 года в Кунгуре была освящена Никольская церковь. Она была возведена на месте каменного Иоанно-Предтеченского храма, который до 1834 года служил кладбищенским. Строительство новой церкви началось после смерти купца первой гильдии и статского советника Алексея Семеновича Губкина.

А.С. Губкин, почетный гражданин Кунгура, скончался в Москве, и по его завещанию тело было перевезено в Кунгур для захоронения на старом Иоанно-Предтеченском кладбище. Его внук, Александр Григорьевич Кузнецов, проживавший за границей, решил по совету местного священника Михаила Ивановича Холмогорова построить новую церковь на месте захоронения деда. Проект был поручен пермскому архитектору А.Б. Турчевичу.

В 1894 году городская Дума Кунгура выделила землю для создания сквера возле будущего храма. 27 апреля того же года началась разборка старого храма, а 22 мая заложили новый. Строительный комитет возглавил М.И. Холмогоров, при котором завершились основные работы, и церковь украсили позолоченные купола. Интерьеры и иконостасы были заказаны профессору Петербургской Академии художеств Николаю Николаевичу Харламову, который использовал в своих эскизах цветы из окрестностей Кунгура.

9 и 16 ноября 1903 года освятили боковые приделы новой Иоанно-Предтеченской церкви, а главный храм был освящен 20 августа 1917 года. До 1910 года в церкви установили колориферы.

К храму относилась часовня в честь Богоматери "Живоносный источник" и мученика Христофора, построенная в 1886 году.

Никольская церковь была закрыта 9 января 1931 года и долгое время использовалась как производственное помещение. В 1990 году здание вернули верующим, и началась реставрация. 12 мая 1996 года церковь посетил Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II, а осенью 1997 года завершилось восстановление колокольни.

Церковь имеет традиционную композицию с колокольней, трапезной с приделом и пятиглавым основным зданием с апсидой. Четверик с двухъярусной апсидой выделяется монументальностью. Фасады украшены узорчатым декором из кирпича и местного камня, а силуэт церкви оживляют вертикали трехъярусной колокольни, шатровый верх и главки приделов.