История Свято-Никольского храма, расположенного в центре старинного села Капустин-Яр, полна тайн и загадок, уходящих в начало XIX века. На месте нынешнего храма изначально стояла каменная церковь, построенная в 1817 году, которая простояла до 1890 года. Причины её разборки остаются неизвестными, возможно, она стала тесной или обветшала. В 1895 году на её месте возвели новый храм, также освящённый в честь Святителя Николая Чудотворца. Боковые пределы посвятили Успению Божьей Матери и Василию Блаженному. Храм в эклектичном стиле построил неизвестный архитектор, предположительно немецкого происхождения. Настоятель храма отец Герман Гладышев Юрий Юрьевич считает, что проект принадлежит известному московскому архитектору Фёдору Осиповичу Франц-Альберту Шехтелю, но подтверждений этому нет. Рядом с храмом возвышалась двухъярусная колокольня с большими колоколами, звук которых был слышен на многие километры, а рядом с колокольней невозможно было разговаривать. При храме действовала церковно-приходская школа, а территория была огорожена красивой металлической оградой. В конце 1920-х годов храм был разорён: большевики разрушили купол, уничтожили иконостас и иконы, сняли колокола и снесли колокольню. Некоторые иконы удалось спасти, и позже их передали в Свято-Георгиевский храм из села Солянка. Храм избежал полного уничтожения, так как его переоборудовали под дом культуры. Во время Сталинградской битвы в нём располагался госпиталь.

Местный житель, потомок купеческого рода Смоляковых, рассказал интересную историю о храме. Его бабушка говорила, что до революции от церкви к реке вел подземный ход. Подземные ходы были и в купеческих особняках вокруг храма. В одном из таких подземелий во время гражданской войны якобы скрывался отряд белогвардейцев. Цель сооружения этих ходов неизвестна, но их существование подтверждается: в одном из заброшенных домов рядом с храмом есть вход в подземелье, выложенное старинным кирпичом. Из-за угрозы обвала исследовать его без специального оборудования невозможно.

Другая история связана с полом храма, выложенным узорчатой керамической плиткой. В двух местах рядом с алтарём плитка отсутствует, и эти места заложены каменными блоками. По словам рассказчика, это следы разорённых захоронений священнослужителей. Чьи мощи там покоились, неизвестно, но одно захоронение сохранилось, склеп с мощами неизвестного священнослужителя под алтарём. Храм хранит множество загадок, включая то, как он выглядел до разорения. До наших дней не дошло ни одного его старинного изображения.

Полуразрушенное здание храма вернули верующим в 1992 году, и с тех пор ведутся работы по его восстановлению. Несмотря на значительные изменения в архитектурном облике, храм выглядит величаво и гармонично.