Die Geschichte der Heilig-Nikolai-Kirche, die im Zentrum des alten Dorfes Kapustin Jar liegt, ist voller Geheimnisse und Rätsel, die bis ins frühe 19. Jahrhundert zurückreichen. An der Stelle der heutigen Kirche stand ursprünglich eine steinerne Kirche, die 1817 erbaut wurde und bis 1890 bestand. Die Gründe für ihren Abriss sind unbekannt, möglicherweise wurde sie zu klein oder war baufällig. 1895 wurde an ihrer Stelle eine neue Kirche errichtet, die ebenfalls zu Ehren des Heiligen Nikolaus geweiht wurde. Die Seitenaltäre wurden der Himmelfahrt der Gottesmutter und dem Heiligen Basilius gewidmet. Die Kirche im eklektischen Stil wurde von einem unbekannten Architekten, vermutlich deutschen Ursprungs, erbaut. Der Pfarrer der Kirche, Vater German Gladyschev Yuri Jurjewitsch, ist der Meinung, dass das Projekt dem bekannten Moskauer Architekten Fjodor Osipowitsch Franz-Albert Schchethel gehört, aber es gibt dafür keine Bestätigungen. Neben der Kirche erhob sich ein zweigeschossiger Glockenturm mit großen Glocken, deren Klang in viele Kilometer Entfernung zu hören war, und in der Nähe des Glockenturms war es unmöglich zu sprechen. An der Kirche gab es eine Kirchenschule, und das Gelände war von einem schönen Metallzaun umgeben. Ende der 1920er Jahre wurde die Kirche verwüstet: Die Bolschewiken zerstörten die Kuppel, vernichteten den Ikonostase und die Ikonen, nahmen die Glocken ab und rissen den Glockenturm ab. Einige Ikonen konnten gerettet werden und wurden später in die Heilig-Georgs-Kirche im Dorf Soljanka überführt. Die Kirche entging der vollständigen Zerstörung, da sie in ein Kulturhaus umgebaut wurde. Während der Schlacht von Stalingrad diente sie als Krankenhaus.

Ein einheimischer Bewohner, ein Nachkomme der Kaufmannsfamilie Smoljakov, erzählte eine interessante Geschichte über die Kirche. Seine Großmutter sagte, dass vor der Revolution ein unterirdischer Gang von der Kirche zum Fluss führte. Unterirdische Gänge gab es auch in den Kaufmannsresidenzen rund um die Kirche. In einem dieser Unterwelten soll sich während des Bürgerkriegs eine Gruppe von Weißen versteckt haben. Der Zweck des Baus dieser Gänge ist unbekannt, aber ihre Existenz wird bestätigt: In einem der verlassenen Häuser neben der Kirche gibt es einen Eingang zu einem unterirdischen Raum, der mit alten Ziegeln ausgekleidet ist. Aufgrund der Einsturzgefahr ist es unmöglich, ihn ohne spezielle Ausrüstung zu erkunden.

Eine andere Geschichte betrifft den Boden der Kirche, der mit gemusterten Keramikfliesen ausgelegt ist. An zwei Stellen in der Nähe des Altars fehlen die Fliesen, und diese Stellen sind mit Steinblöcken verschlossen. Laut dem Erzähler sind dies Spuren von zerstörten Gräbern von Geistlichen. Wessen Gebeine dort ruhen, ist unbekannt, aber ein Grab ist erhalten geblieben, ein Grab mit den Überresten eines unbekannten Geistlichen unter dem Altar. Die Kirche birgt viele Geheimnisse, einschließlich dessen, wie sie vor der Zerstörung aussah. Bis heute gibt es kein einziges altes Bild von ihr.

Das halbzerstörte Gebäude der Kirche wurde 1992 den Gläubigen zurückgegeben, und seitdem werden Arbeiten zu ihrer Wiederherstellung durchgeführt. Trotz der erheblichen Veränderungen im architektonischen Erscheinungsbild wirkt die Kirche majestätisch und harmonisch.