В феврале 1736 года князь Иван Алексеевич Салтыков, адьютант лейб-гвардии Конного полка, обратился в синодальный казённый приказ с просьбой. Он сообщил, что в селе Черкутине, расположенном в Ильмехотском стане Владимирской десятины, находится старая деревянная церковь во имя Николая Чудотворца, которая сильно обветшала и не пригодна для службы. Салтыков выразил желание построить новую каменную церковь на том же месте и попросил разрешение на строительство. Указ был получен, и в том же году церковь была возведена. Освящение провёл архимандрит Павел из Владимирского Рождественского монастыря. Новый храм был восьмигранным, двухсветным, с трёхъярусной колокольней, и располагался на высоком берегу пруда, в 50 метрах от барского дома.

В первой половине XIX века храм был перестроен в стиле классицизма. После реконструкции он приобрёл тот вид, который сохранился до наших дней: основной объём в виде небольшого восьмерика с куполом и главкой, к которому с запада примыкают притвор и колокольня. Никольская церковь изначально была приходской с отдельным причтом, но с 1849 года стала приписной к церкви Рождества Пресвятой Богородицы в селе Черкутино. В церкви был один престол, и она была обеспечена всем необходимым для богослужений.

Рядом с храмом находились постройки усадьбы Салтыковых, от которых сохранились дом и флигель XVIII века. После того как Салтыковы построили новую усадьбу в Снегирёво, дом в Черкутино был передан церковному причту. В этом доме 1 января 1772 года родился Михаил Васильевич, будущий государственный деятель России, граф Михаил Михайлович Сперанский, который был крещён в Никольском храме.

В 1930-х годах церковь Николая Чудотворца была закрыта властями и использовалась в хозяйственных целях. Хотя здание сохранилось до наших дней, оно нуждается в значительной реставрации. В советское время храм чудом не был разрушен и не разобран на кирпичи. В его помещении размещались котельная психоневрологического диспансера, баня, склады и даже свинарник. Сейчас благодаря усилиям епархии и общественности ведётся восстановление храма.